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Professor |
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Research Field |
Biomolecular design chemistry, Nanotechnology/Materials / Chemical biology, Life Science / Biophysics, Nanotechnology/Materials / Nanomaterials, Nanotechnology/Materials / Nanobioscience, Nanotechnology/Materials / Nano/micro-systems, Others / Others, Manufacturing Technology (Mechanical Engineering, Electrical and Electronic Engineering, Chemical Engineering) / Electron device and electronic equipment |
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Graduating School 【 display / non-display 】
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Konan University Faculty of Science Graduated
- 1996.3
Graduate School 【 display / non-display 】
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Konan University Graduate School, Division of Science and Technology Doctor's Course Completed
- 2003.3
Campus Career 【 display / non-display 】
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KONAN UNIVERSITY Faculty of Frontiers of Innovative Research in Science and Technology Faculty of Frontiers of Innovative Research in Science and Technology Department of Nanobiochemistry Professor
2015.4
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KONAN UNIVERSITY Faculty of Frontiers of Innovative Research in Science and Technology Faculty of Frontiers of Innovative Research in Science and Technology Department of Nanobiochemistry Associate Professor
2009.4 - 2015.3
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先端生命工学研究所 講師
2004.4 - 2009.3
External Career 【 display / non-display 】
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米国イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校
2003.4 - 2004.3
Country：United States
Professional Memberships 【 display / non-display 】
Papers 【 display / non-display 】
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Investigation of the physicochemical and functional properties of poly(2-methacryloyloxyethyl phosphorylcholine)-conjugated aptamers. International journal
Seojung Cho, Jumpei Morimoto, Yutaro Saito, Yukiko Nagai, Asuka Sakata, Keitaro Yoshimoto, Mitsuki Tsuruta, Daisuke Miyoshi, Shinsuke Sando
Biomaterials science 14 ( 1 ) 232 - 239 2026.1
Polymer conjugation is a common strategy to improve the pharmacokinetics of aptamers, yet its effects on aptamer properties are incompletely understood. Poly(ethylene glycol) (PEG) is the most widely used polymer for this purpose, but concerns about anti-PEG immune responses have prompted interest in alternative polymers. We previously reported that conjugation with the zwitterionic polymer poly(2-methacryloyloxyethyl phosphorylcholine) (PMPC) significantly prolongs the circulation time of a DNA aptamer while avoiding anti-PEG antibody recognition. In this study, we evaluated the physicochemical and functional consequences of PMPC conjugation of aptamers. Biophysical analyses suggested that the secondary structure and target-binding affinity of the aptamer were preserved, while functional consequences upon PMPC conjugation varied with the targets. The activity of a membrane receptor-targeting aptamer partially decreased, likely due to spatial constraints around the cell membrane, while RB005, targeting soluble activated coagulation factor IX, retained its full activity. In addition, PMPC conjugation significantly prolonged the in vivo plasma retention of RB005. By elucidating the effects of PMPC on aptamer properties and introducing another example that further supports the general applicability of PMPC conjugation in enhancing aptamer pharmacokinetics, these findings support PMPC as a promising alternative to PEG.
DOI： 10.1039/d5bm01078k
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Phase Separation of RX Repeat Peptides with Nucleic Acids. International journal
Sumit Shil, Mitsuki Tsuruta, Ryosuke Suzuki, Yoshiki Hashimoto, Takeru Torii, Shinya Taniguchi, Tomohiro Umetani, Keiko Kawauchi, Daisuke Miyoshi
Chemistry, an Asian journal 20 ( 23 ) e00805 2025.12
Biomolecular liquid-liquid phase separation (LLPS) plays a crucial role in organizing membraneless cellular compartments, which regulate a wide variety of cellular processes. A key molecular mechanism underlying LLPS of nucleic acids involves G-quadruplex (G4) structures of DNA and RNA interacting with intrinsically disordered proteins, particularly arginine and glycine (RGG/RG) rich proteins. The role of arginine residues in LLPS has been studied extensively, whereas few studies have focused on the role of the another frequently occurring residues, glycine. Here, we systematically investigated the contribution of G residues by substituting them with alanine (A), proline (P), valine (V), and tyrosine (Y) residues, generating a series of RX repeat peptides. Turbidity and microscopy assays with DNA oligonucleotides forming G4, duplex, as well as random coil, showed that RP and RA-peptides enhanced LLPS with G4 DNA, by comparing RG-peptide. In contrast, RY promoted liquid-solid phase separation (LSPS) with the G4 DNA, although it underwent LLPS with the random coil and duplex DNAs. In addition, RV-peptide formed aggregates even in the absence of any DNA. These results demonstrate that side-chain size, hydrophobicity, and aromaticity are critical factors for the LLPS and LSPS capability and selectivity with DNA forming various secondary structures. This study provides mechanistic insights into protein-nucleic acid LLPS and LSPS and guides the rational design peptides to undergo LLPS but not LSPS with nucleic acids.
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Liquid-liquid phase separation induced by i-motif DNA under molecular crowding conditions Invited Reviewed
Ryosuke Suzuki, Mitsuki Tsuruta, Sumit Shil, Kosei Morohashi, Keiko Kawauchi, Daisuke Miyoshia
Polymer J. 57 931 - 940 2025.4
Authorship：Corresponding author
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Three- and four-stranded nucleic acid structures and their ligands Invited Reviewed
Yoshiki Hashimoto, Sumit Shil, Mitsuki Tsuruta, Keiko Kawauchi, and Daisuke Miyoshi
RSC Chemical Biology 6 466 - 491 2025.3
Authorship：Corresponding author
DOI： 10.1039/D4CB00287C
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ケミカルバイオロジーの冒険（１２） 核酸を標的とした低分子・中分子化合物 Invited
堂野主税、勝田陽介、三好大輔
現代化学 648 32 - 39 2025.2
Authorship：Last author
Books and Other Publications 【 display / non-display 】
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分子夾雑系での核酸挙動
建石寿枝、三好大輔、杉本直己（ Role： Joint author）
CSJカレントレビュー「生体分子と疾患」（化学同人） 2023.2 （ ISBN:9784759814057 ）
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がん関連mRNAと光線力学療法
三好大輔, 杉本直己（ Role： Joint author）
CSJカレントレビュー「生体分子と疾患」（化学同人） 2021.5
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三好大輔（ Role： Sole author , 光線力学療法の基礎）
日本核酸化学会 2020.12 （ ISBN:978-4-06-520786-4 ）
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相分離生物学の全貌
三好 大輔、川内 敬子（ Role： Joint author , DNA，RNAと相分離）
東京化学同人 2020.11 （ ISBN:9784807913466 ）
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Cell and Molecular Mechanics in Health and Disease
Keiko Kawauchi, Hideaki Fujita, Daisuke Miyoshi, Evelyn K. F. Yim, and Hiroaki Hirata（ Role： Edit）
Hindawi Limited 2017.2
Review Papers (Misc) 【 display / non-display 】
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Effects of structural selective G4 ligand on telomere length and TERRA expression level
橋本佳樹, 取井猛流, 木下菜月, 川内敬子, 建石寿枝, 杉本直己, 杉本直己, 三好大輔
日本化学会春季年会講演予稿集(Web) 103rd 2023
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Nucleic Acids under Multimolecular Crowding Biosystems
建石寿枝, 三好大輔, 杉本直己, 杉本直己
CSJ Current Review ( 45 ) 2023
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Droplet degradation targeted at secondary structure of nucleic acid
鶴田充生, 取井猛流, 小畠一起, 川内敬子, 建石(狩俣)寿枝, 杉本直己, 三好大輔
日本化学会春季年会講演予稿集(Web) 102nd 2022
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A Novel G4 Ligand Screening System with G4-selective Fluorescent Probe
橋本佳樹, 取井猛流, 藤田ひな, 川内敬子, 建石寿枝, 杉本直己, 三好大輔
日本化学会春季年会講演予稿集(Web) 102nd 2022
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The role of G-quadruplex derived from ribosomal DNA in nucleolar LLPS
取井猛流, 杉本渉, 建石寿枝, 木下菜月, 鶴田充生, 月生雅也, 村嶋貴之, 西方敬人, 杉本直己, 三好大輔, 川内敬子
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 45th 2022
Presentations 【 display / non-display 】
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鈴木 涼介、鶴田 充生、川内 敬子、三好 大輔
細胞模倣環境下でi-motif構造が誘起する液液相分離
日本化学会 第105春季年会(2025) (関西大学 千里山キャンパス) 2025.3
Event date： 2025.3
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橋本 佳樹、久保 宏樹、川内 敬子、三好 大輔
NRASが形成するグアニン四重らせん構造配列選択的なリガンドによる酵素反応阻害
日本化学会 第105春季年会(2025) (関西大学 千里山キャンパス) 2025.3
Event date： 2025.3
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鶴田 充生、Shil Sumit、川内 敬子、三好 大輔
グアニン四重らせん構造のトポロジー選択的な液液相分離の誘起
日本化学会 第105春季年会(2025) (関西大学 千里山キャンパス) 2025.3
Event date： 2025.3
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吉川 美咲、鶴田 充生、高宮 渚、川内 敬子、三好 大輔
DNAグアニン四重らせん構造が誘起する液-液相分離における1,6-hexanediolの阻害機構の解明
日本化学会 第105春季年会(2025) (関西大学 千里山キャンパス) 2025.3
Event date： 2025.3
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綾 瑞穂、鶴田 充生、川内 敬子、三好 大輔
グアニン4重らせん構造リガンドによる液‐液相分離の制御
日本化学会 第105春季年会(2025) (関西大学 千里山キャンパス) 2025.3
Event date： 2025.3
Industrial property rights 【 display / non-display 】
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光線力学療法用剤
権田幸祐、北村成史、金野智浩、熊谷圭悟、當山亮太、中尾重治、高瀬拓夢、工藤桃子、西館智尋、三好大輔、川内敬子
Application no：PCT/JP2024/6842
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光増感剤輸送キャリア,
大谷 亨、川内 敬子、三好 大輔
Application no：2022-128296
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核酸鎖の四重螺旋構造の検出方法
三好 大輔、前田 龍一
Application no：特願2013-199029
Announcement no：特開2015-62388
Country of applicant：Domestic
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Method for detecting G-quadruplex, method for detecting G-quadruplex-forming DNA and method for determining telomerase activity
Hidenobu Yaku, Daisuke Miyoshi
Application no：13/335,498
Country of applicant：Foreign country
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テロメラーゼ活性の検出方法
夜久 英信, 三好 大輔
Application no：２０１１－７５０２０
Announcement no：２０１２－２０５５６８
Country of applicant：Domestic
Works 【 display / non-display 】
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G-Quadruplex: a Versatile DNA structure in vivo and in vitro
2007.12
IBER International Lectures Part 9、2007年12月
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Conformational switch of a functional nanowire based on the DNA G-quadruplex
2007.11
第5回国際核酸化学シンポジウム（第34回核酸化学シンポジウム）、2007年11月
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Effects of cosolutes on the thermodynamic stability of parallel DNA duplex and triplex
2007.11
第5回国際核酸化学シンポジウム（第34回核酸化学シンポジウム）、2007年11月
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Functional DNA materials controlled by surrounding conditions
2007.10
IUPAC 3rd International Symposium on Novel Materials and Synthesis (NMS-III)、Shanghai, China、2007年10月
Other Research Activities 【 display / non-display 】
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ケミカルバイオロジー2.0
2019.7
東京化学同人 三好大輔、山東信介、清中茂樹、花岡健二郎、後藤佑樹 Symposium
次世代に向けたケミカルバイオロジーについての座談会。
現代化学2019年8月号に掲載。 -
G-Quadruplex: a Versatile DNA structure in vivo and in vitro
2007.12
IBER International Lectures Part 9、2007年12月
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Effects of cosolutes on the thermodynamic stability of parallel DNA duplex and triplex
2007.11
第5回国際核酸化学シンポジウム（第34回核酸化学シンポジウム）、2007年11月
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Conformational switch of a functional nanowire based on the DNA G-quadruplex
2007.11
第5回国際核酸化学シンポジウム（第34回核酸化学シンポジウム）、2007年11月
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Functional DNA materials controlled by surrounding conditions
2007.10
IUPAC 3rd International Symposium on Novel Materials and Synthesis (NMS-III)、Shanghai, China、2007年10月
Academic Awards Received 【 display / non-display 】
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村尾育英会学術賞
2015.3 村尾育英会
三好大輔
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化学・生物素材研究開発奨励賞
2013.10 バイオインダストリー協会
三好大輔
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ISNAC Outstanding Oral Presentation Award for Young Scientist in 2011
2011.11 The organizing committee and executive committee of the 38th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry (ISNAC2011)
D. Miyoshi
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日本化学会第91春季年会 若い世代の特別講演賞
2011.3 日本化学会
三好大輔
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日本化学会 生体機能関連化学 シンポジウム講演賞
2007.9 日本化学会
三好大輔
Grant-in-Aid for Scientific Research 【 display / non-display 】
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Study for Inverse Correlation in Neurodegenerative Disease and Cancer Focusing on Liquid-Liquid Phase Separation of Nucleic Acids
2024.6 - 2026.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
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The regulation of gene expression by targeting G4 quadriplex in brain tumors
2023.4 - 2026.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(B)
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生体分子の液液相分離制御工学構築による新規創薬モダリティの提唱
2022.6 - 2025.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering)
三好 大輔, 川内 敬子
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生体分子の液液相分離制御工学構築による新規創薬モダリティの提唱
2022.4 - 2024.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering)
Authorship：Principal investigator
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Model system for nucleic acid-protein liquid-liquid phase separation
2021.4 - 2024.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(B)
Other External funds procured 【 display / non-display 】
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核酸とタンパク質の相分離を制御する―神経変性疾患とがんの革新的治療薬の創製を目指して－
2021.4 - 2024.3
甲南学園 甲南学園平生太郎基金 甲南学園平生太郎基金科学研究奨励助成
Authorship：principal_investigator
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核酸四重らせん構造リガンドを用いた細胞内相分離現象の制御
2019.7 - 2023.3
公益財団法人 旭硝子財団 公益財団法人 旭硝子財団 ステップアップ助成
核酸四重らせん構造リガンドを用いた細胞内相分離現象の制御
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mRNAが形成する四重らせん構造の機能解明に向けたケミカルプローブの創製
2017.4 - 2018.3
内藤記念科学振興財団 内藤記念科学奨励金・研究助成
mRNAが形成する四重らせん構造の機能解明に向けたケミカルプローブの創製
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核酸四重らせん構造に対するペプチドリガンドのハイスループット スクリーニングシステムの構築
2015.4 - 2016.4
その他財団等 公益財団法人旭硝子財団
核酸四重らせん構造に対するペプチドリガンドのハイスループット
スクリーニングシステムの構築 -
細胞内で形成される核酸の非標準構造の解明
2015.3
村尾育英会 村尾育英会学術賞
Joint and Contract research activities (Public) 【 display / non-display 】
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DNAを用いた新規エレクトロニクス材料の研究・開発
General funded research
2007.4
グアニンに富むＤＮＡの電気的特性の評価解析およびＤＮＡと機能性有機材料との結合化技術の確立
Preferred joint research theme 【 display / non-display 】
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核酸が関与する相分離機構の解明とその応用
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核酸（DNA RNA）に作用する機能性分子の開発
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Liquid-liquid phase separation by nucleic acids
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生体分子を用いたナノマテリアル開発（超分子、ナノエレクトロニクス、ナノバイオ材料、ナノバイオ素子など）
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細胞内小器官への分子運搬システムの開発（ＤＤＳ、分子シャトル、アンチセンス・アンチジーンなど）
Committee Memberships 【 display / non-display 】
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2019.12 日本ナノメディシン交流協会 13th Anniversary International Symposium on Nanomedicine (ISNM2019)実行委員長
Social Activities 【 display / non-display 】
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模擬講義／高校生（兵庫県立高砂高等学校 1年生）
2015.11
ナノのヒケツとバイオのヒミツでナノバイオ
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模擬講義／高校生（姫路高等学校２年生）
2014.8
姫路市立姫路高等学校模擬講義 遺伝子のヒミツとヒケツ
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出張模擬講義／高校生（兵庫県立舞子高等学校一年生）
2013.12
遺伝子のヒミツとヒケツ －遺伝子が活躍するバイオとナノ－
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BioJapan 2013 World Buisiness Forum (Pacifico Yokohama)
2013.10
「甲南大学フロンティアサイエンス学部分子設計化学研究室」
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ひらめき☆ときめきサイエンス
2013.7
遺伝暗号を解く～光で視る遺伝子からタンパク質ができるまで～