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Position |
Professor |
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Research Field |
Life Science / System genome science, Life Science / Animal physiological chemistry, physiology and behavioral biology, Life Science / Genome biology, Life Science / Evolutionary biology, Life Science / Developmental biology |
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External Link |
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Graduating School 【 display / non-display 】
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Kanazawa University Faculty of Science Graduated
1985.4 - 1989.3
Graduate School 【 display / non-display 】
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Kyoto University Graduate School, Division of Natural Science Doctor's Course Completed
1991.4 - 1994.3
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Kyoto University Graduate School, Division of Natural Science Master's Course Completed
1989.4 - 1991.3
Studying abroad experiences 【 display / non-display 】
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1995.6-1995.7
Marine Biological Laboratory, Woods Hole Student, Embryology Course
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1994.4-1995.9
Bodega Marine Laboratory, University of California, Davis Postdoctoral Researcher
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1993.2-1993.7
Bodega Marine Laboratory, University of California, Davis Visiting Researcher
Campus Career 【 display / non-display 】
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KONAN UNIVERSITY Graduate School of Natural Science (Masters Degree Program) Dean
2019.4 - 2021.3
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KONAN UNIVERSITY Faculty of Science and Engineering Manager
2015.4 - 2017.3
-
KONAN UNIVERSITY Institute for Integrative Neurobiology Director in General
2013.8
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KONAN UNIVERSITY Graduate School of Natural Science (Masters Degree Program) Graduate School of Natural Science Deprtment of Biology (Masters Degree Program) Professor
2010.4
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KONAN UNIVERSITY Graduate School of Natural Science (Masters Degree Program) Graduate School of Natural Science Deprtment of Life and Functional Material Science (Doctoral Degree Program) Professor
2010.4
External Career 【 display / non-display 】
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University of Hyogo Graduate School of Life Science
2007.4 - 2009.3
Country：Japan
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University of Hyogo Graduate School of Life Science
2004.4 - 2007.3
Country：Japan
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Himeji Institute of Technology Graduate School of Science
2002.4 - 2004.3
Country：Japan
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Himeji Institute of Technology Faculty of Science
2000.7 - 2002.3
Country：Japan
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Hokkaido University Graduate School of Science
1995.10 - 2000.6
Country：Japan
Papers 【 display / non-display 】
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Rui Yokomori, Takehiro G Kusakabe, Kenta Nakai, Characterization of trans-spliced chimeric RNAs: insights into the mechanism of trans-splicing Reviewed International journal
Rui Yokomori, Takehiro G. Kusakabe, and Kenta Nakai
NAR Genomics and Bioinformatics 6 ( 2 ) lqae067 2024.6
Joint Work
Publisher：Oxford University Press
Trans-splicing is a post-transcriptional processing event that joins exons from separate RNAs to produce a chimeric RNA. However, the detailed mechanism of trans-splicing remains poorly understood. Here, we characterize trans-spliced genes and provide insights into the mechanism of trans-splicing in the tunicate Ciona. Tunicates are the closest invertebrates to humans, and their genes frequently undergo trans-splicing. Our analysis revealed that, in genes that give rise to both trans-spliced and non-trans-spliced messenger RNAs, trans-splice acceptor sites were preferentially located at the first functional acceptor site, and their paired donor sites were weak in both Ciona and humans. Additionally, we found that Ciona trans-spliced genes had GU- and AU-rich 5' transcribed regions. Our data and findings not only are useful for Ciona research community, but may also aid in a better understanding of the trans-splicing mechanism, potentially advancing the development of gene therapy based on trans-splicing.
Other Link： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC11155486/
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Retinal Cone Mosaic in sws1-Mutant Medaka (Oryzias latipes), A Teleost Reviewed International journal
Megumi Matsuo, Makoto Matsuyama, Tomoe Kobayashi, Shinji Kanda, Satoshi Ansai, Taichi Kawakami, Erika Hosokawa, Yutaka Daido, Takehiro G. Kusakabe, Kiyoshi Naruse, and Shoji Fukamachi
Investigative Opthalmology & Visual Science 63 ( 11 ) 21 - 21 2022.10
Joint Work
Publisher：Association for Research in Vision and Ophthalmology (ARVO)
PURPOSE: Ablation of short single cones (SSCs) expressing short-wavelength-sensitive opsin (SWS1) is well analyzed in the field of regenerative retinal cells. In contrast with ablation studies, the phenomena caused by the complete deletion of SWS1 are less well-understood. To assess the effects of SWS1 deficiency on retinal structure, we established and analyzed sws1-mutant medaka. METHODS: To visualize SWS1, a monoclonal anti-SWS1 antibody and transgenic reporter fish (Tg(sws1:mem-egfp)) were generated. We also developed a CRISPR/Cas-driven sws1-mutant line. Retinal structure of sws1 mutant was visualized using anti-SWS1, 1D4, and ZPR1 antibodies and coumarin derivatives and compared with wild type, Tg(sws1:mem-egfp), and another opsin (lws) mutant. RESULTS: Our rat monoclonal antibody specifically recognized medaka SWS1. Sws1 mutant retained regularly arranged cone mosaic as lws mutant and its SSCs had neither SWS1 nor long wavelength sensitive opsin. Depletion of sws1 did not affect the expression of long wavelength sensitive opsin, and vice versa. ZPR1 antibody recognized arrestin spread throughout double cones and long single cones in wild-type, transgenic, and sws1-mutant lines. CONCLUSIONS: Comparative observation of sws1-mutant and wild-type retinas revealed that ZPR1 negativity is not a marker for SSCs with SWS1, but SSCs themselves. Loss of functional sws1 did not cause retinal degeneration, indicating that sws1 is not essential for cone mosaic development in medaka. Our two fish lines, one with visualized SWS1 and the other lacking functional SWS1, offer an opportunity to study neural network synapsing with SSCs and to clarify the role of SWS1 in vision.
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Neuronal identities derived by misexpression of the POU IV sensory determinant in a protovertebrate Reviewed International coauthorship International journal
Prakriti Paul Chacha, Ryoko Horie, Takehiro G. Kusakabe, Yasunori Sasakura, Mona Singh, Takeo Horie, Michael Levine
Proceedings of the National Academy of Sciences 119 ( 4 ) e2118817119 - e2118817119 2022.1
Joint Work
Publisher：Proceedings of the National Academy of Sciences
The protovertebrate <italic>Ciona intestinalis</italic> type A (sometimes called <italic>Ciona robusta</italic>) contains a series of sensory cell types distributed across the head–tail axis of swimming tadpoles. They arise from lateral regions of the neural plate that exhibit properties of vertebrate placodes and neural crest. The sensory determinant <italic>POU IV/Brn3</italic> is known to work in concert with regional determinants, such as <italic>Foxg</italic> and <italic>Neurogenin</italic>, to produce palp sensory cells (PSCs) and bipolar tail neurons (BTNs), in head and tail regions, respectively. A combination of single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) assays, computational analysis, and experimental manipulations suggests that misexpression of <italic>POU IV</italic> results in variable transformations of epidermal cells into hybrid sensory cell types, including those exhibiting properties of both PSCs and BTNs. Hybrid properties are due to coexpression of <italic>Foxg</italic> and <italic>Neurogenin</italic> that is triggered by an unexpected <italic>POU IV</italic> feedback loop. Hybrid cells were also found to express a synthetic gene battery that is not coexpressed in any known cell type. We discuss these results with respect to the opportunities and challenges of reprogramming cell types through the targeted misexpression of cellular determinants.
Other Link： https://syndication.highwire.org/content/doi/10.1073/pnas.2118817119
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A single motor neuron determines the rhythm of early motor behavior in Ciona Reviewed International journal
Taichi Akahoshi, Madoka K. Utsumi, Kouhei Oonuma, Makoto Murakami, Takeo Horie, Takehiro G. Kusakabe, Kotaro Oka, Kohji Hotta
Science Advances 7 ( 50 ) 2021.12
Joint Work
Publisher：American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Recent work in tunicate supports the similarity between the motor circuits of vertebrates and basal deuterostome lineages. To understand how the rhythmic activity in motor circuits is acquired during development of protochordate Ciona, we investigated the coordination of the motor response by identifying a single pair of oscillatory motor neurons (MN2/A10.64). The MN2 neurons had Ca2+ oscillation with an ~80-s interval that was cell autonomous even in a dissociated single cell. The Ca2+ oscillation of MN2 coincided with the early tail flick (ETF). The spikes of the membrane potential in MN2 gradually correlated with the rhythm of ipsilateral muscle contractions in ETFs. The optogenetic experiments indicated that MN2 is a necessary and sufficient component of ETFs. These results indicate that MN2 is indispensable for the early spontaneous rhythmic motor behavior of Ciona. Our findings shed light on the understanding of development and evolution of chordate rhythmical locomotion.
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Evolution of Developmental Programs for the Midline Structures in Chordates: Insights From Gene Regulation in the Floor Plate and Hypochord Homologues of Ciona Embryos Reviewed International journal
Kouhei Oonuma, Maho Yamamoto, Naho Moritsugu, Nanako Okawa, Megumi Mukai, Miku Sotani, Shuto Tsunemi, Haruka Sugimoto, Eri Nakagome, Yuichi Hasegawa, Kotaro Shimai, Takeo Horie, Takehiro G. Kusakabe
Frontiers in Cell and Developmental Biology 9 ( 704367 ) 704367 - 704367 2021.5
Joint Work
Authorship：Last author, Corresponding author Publisher：Frontiers Media SA
In vertebrate embryos, dorsal midline tissues, including the notochord, the prechordal plate, and the floor plate, play important roles in patterning of the central nervous system, somites, and endodermal tissues by producing extracellular signaling molecules, such as Sonic hedgehog (Shh). In <italic>Ciona</italic>, <italic>hedgehog.b</italic>, one of the two <italic>hedgehog</italic> genes, is expressed in the floor plate of the embryonic neural tube, while none of the <italic>hedgehog</italic> genes are expressed in the notochord. We have identified a <italic>cis</italic>-regulatory region of <italic>hedgehog.b</italic> that was sufficient to drive a reporter gene expression in the floor plate. The <italic>hedgehog.b cis</italic>-regulatory region also drove ectopic expression of the reporter gene in the endodermal strand, suggesting that the floor plate and the endodermal strand share a part of their gene regulatory programs. The endodermal strand occupies the same topographic position of the embryo as does the vertebrate hypochord, which consists of a row of single cells lined up immediately ventral to the notochord. The hypochord shares expression of several genes with the floor plate, including <italic>Shh</italic> and <italic>FoxA</italic>, and play a role in dorsal aorta development. Whole-embryo single-cell transcriptome analysis identified a number of genes specifically expressed in both the floor plate and the endodermal strand in <italic>Ciona</italic> tailbud embryos. A <italic>Ciona</italic> FoxA ortholog FoxA.a is shown to be a candidate transcriptional activator for the midline gene battery. The present findings suggest an ancient evolutionary origin of a common developmental program for the midline structures in Olfactores.
Books and Other Publications 【 display / non-display 】
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動物の事典
日下部岳広（末光隆志 総編集）（ Role： Contributor , 7.1.2 ホヤの発生（第７章 動物の発生））
朝倉書店 2020.11 （ ISBN:978-4-254-17166-2 ）
生理学，生態学，行動学，分類学，遺伝学，分子生物学，細胞生物学，発生学，免疫学，文化人類学など様々な視点からの知見を総合した，動物学の全容を俯瞰することができるハンドブック形式の事典。生物学を学ぶ学生・研究者をはじめ，動物学に関心を寄せる方々の必携書。〔内容〕分類／進化／遺伝と遺伝子／細胞／形と器官系／生理／発生／脳・神経系／ホルモンとホメオスタシス／免疫／生息環境／行動と生態／バイオテクノロジー／動物の利用／動物と文化
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新しい生物科学
弥益恭, 中尾啓子, 野口航, 駒﨑伸二, 松田学, 小林哲也, 林謙介, 種子田春彦, 日下部岳広, 大塚俊之, 山内啓太郎, 西廣淳, 山本奈津子（ Role： Contributor , 第9章「進化と多様性」）
培風館 2018.5 （ ISBN:978-4563078249 ）
近年、生物科学は、遺伝子科学、ポストゲノム研究、そして他の自然科学分野の新しい成果を取り込むことで大きく変容した結果、生物の理解をめざす基礎科学にとどまらず、産業分野、医療分野で革命をもたらしつつある。本書は、生物科学を理解するうえで必要な基礎知識から最先端の話題までを概説した教科書である。まず細胞や組織の構造、物質代謝、遺伝情報などの基本を修得し、続いて内分泌系、神経系、胚発生など生物個体の制御系を学ぶ。その後、生物進化や生態系、そして産業応用、環境保全、生物倫理についての最新の話題にふれる。生物学の各分野の第一線で活躍している研究者らが長年の講義等での経験をもとに、わかりやすく解説した一冊である。
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Transgenic Ascidians. Advances in Experimental Medicine and Biology, vol. 1029
Shimai, K., Kusakabe, T. G. (Chapter 6), Editor: Sasakura, Y.（ Role： Joint author , Chapter 6: The Use of cis-Regulatory DNAs as Molecular Tools, pp. 49-68.）
Springer 2018.3 （ ISBN:978-981-10-7544-5 ）
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Brain Evolution by Design: From Neural Origin to Cognitive Architecture
Kusakabe, T. G. (Chapter 7), Editors: Shigeno, S., Murakami, Y., Nomura, T.（ Role： Sole author , Chapter 7: Identifying vertebrate brain prototypes in deuterostomes, pp. 153-186.）
Springer 2017.1 （ ISBN:978-4-431-56467-6 ）
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Genome Mapping and Genomics in Laboratory Animals: Genome Mapping and Genomics in Animals, Vol. 4.
Sasakura, Y., Sierro, N., Nakai, K., Inaba, K., and Kusakabe, T. G.（ Role： Joint author）
Springer-Verlag 2013.1 （ ISBN:978-3-642-31316-5 ）
Review Papers (Misc) 【 display / non-display 】
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Elucidation of the mechanisms that generate cellular diversity in the central nervous system based on the precise cell lineage and spatial omics Invited
Ayana Maruo, Takehiro G. Kusakabe
The CELL 56 ( 4 ) 34 - 39 2024.3
Authorship：Last author, Corresponding author Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)
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多様な動物を通してみた生きるしくみと進化 ～ホヤとメダカで探る脳と眼の進化～ Invited
日下部岳広
血液事業 45 ( 5 ) 789 - 791 2023.2
Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)
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The GnRH nervous system in ascidian larvae and the origin of cranial sensory organs
Kusakabe, T.
Comparative Endocrinology 42 ( 159 ) 106 - 107 2016.10
Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (international conference proceedings) Publisher：The Japan Society for Comparative Endocrinology
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The deep evolutionary origin of close relationships between olfaction and reproduction
Shimai, K., Kusakabe, T.
17 ( 1 ) 42 - 44 2016.2
Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal) Publisher：FRAGRANCE JOURNAL LTD.
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Regulation and evolution of genes in ascidians
Kusakabe, T.
Zoological Science 22 ( 12 ) 1372 - 1372 2005.12
Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal) Publisher：The Zoological Society of Japan
DOI： 10.2108/zsj.22.1372
Presentations 【 display / non-display 】
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カタユウレイボヤ幼生の始原的鼻プラコード由来表皮感覚細胞からの神経経路の解析
第46回日本分子生物学会年会 (神戸国際会議場) 2023.12
Event date： 2023.12
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ロドプシン欠損メダカ網膜における桿体の喪失および短波⻑感受性錐体の増加と形態変化
第46回日本分子生物学会年会 (神戸国際会議場) 2023.12
Event date： 2023.12
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光遺伝学とカルシウムイメージングを用いたホヤ幼生のグリア細胞の解析
第6回ホヤ研究会 (鹿児島大学) 2023.11
Event date： 2023.11
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カタユウレイボヤ成体の光応答と光受容組織および光受容分子の解析
第6回ホヤ研究会 (鹿児島大学) 2023.11
Event date： 2023.11
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ホヤ成体脳の空間トランスクリプトーム解析
第6回ホヤ研究会 (鹿児島大学) 2023.11
Event date： 2023.11
Other Research Activities 【 display / non-display 】
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ホヤ統合データベースAniseed
2010.8
ホヤ統合データベースAniseedに遺伝子制御に関する情報を公開している。
URL: http://aniseed-ibdm.univ-mrs.fr/ -
ホヤ遺伝子調節データベースDBTGR
2005.7
東京大学医科学研究所（中井謙太教授）との共同研究により、ホヤ遺伝子調節データベースDBTGRを構築し、公開している。
URL: http://dbtgr.hgc.jp/
Academic Awards Received 【 display / non-display 】
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日本動物学会奨励賞
2005.10 日本動物学会
日下部 岳広
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日本動物学会論文賞
1998.9 日本動物学会
広瀬裕一, Gretchen Lambert, 日下部岳広, 西川輝昭
Grant-in-Aid for Scientific Research 【 display / non-display 】
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精緻な細胞系譜と空間オミクスに基づく中枢神経系の細胞多様性創出機構の解明
2023.4 - 2026.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(B)
日下部 岳広
Authorship：Principal investigator
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４色型色覚特異的マイクロRNAから探る色覚の制御と進化
2021.7 - 2023.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
日下部 岳広
Authorship：Principal investigator
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脊椎動物の頭部の進化を可能にしたゲノム基盤の解明
2019.4 - 2022.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(B)
研究課題番号：19H03213
脊椎動物は頭部に高度に発達した脳と感覚器をもち、これらのはたらきが地球上のさまざまな環境に適応した脊椎動物の繁栄を支えている。脳は胚の神経板から生じ、感覚器は脳とその周縁部の組織（プラコード）の相互作用によって作られる。脊椎動物に近縁なホヤ類の幼生は、微小だが脊椎動物と相同な脳とプラコードをもつ。本研究では、研究代表者らが明らかにしたホヤと脊椎動物の間の器官相同性をもとに、これらの器官に関わるトランスクリプトーム、遺伝子制御ネットワーク、ゲノムの構造と機能の特性の比較解析を行い、脊椎動物の高度に発達した脳と感覚器の出現を可能にした背景と進化プロセスを解明する。 -
脊椎動物の中枢神経系と感覚器の複雑化を可能にしたゲノム基盤の解明
2016.4 - 2020.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(B)
研究課題番号：16H04724
脊椎動物は頭部に高度に発達した中枢神経系（脳）と感覚器をもち、これらのはたらきが地球上のさまざまな環境に適応した脊椎動物の繁栄を支えている。脳は胚の神経板から生じ、感覚器は脳とその周縁部の組織（プラコード）の相互作用によって作られる。脊椎動物の祖先形態をとどめているナメクジウオ類の中枢神経系は、体の前端から後端までほぼ同じ太さで、脳とよべる前端部のふくらみはみられず、感覚器の原基となるプラコードも存在しない。一方、より脊椎動物に近縁なホヤ類の幼生は、微小だが脊椎動物と相同な脳とプラコードをもつ。本研究では、研究代表者らが明らかにしたホヤと脊椎動物の間の器官相同性をもとに、トランスクリプトームと遺伝子制御ネットワークの比較解析を行い、脊椎動物の複雑で高度な機能を備えた脳と感覚器の出現を可能にした背景と進化プロセスを解明する。 -
モデル脊索動物を用いた神経系細胞の個性化を司るゲノム情報発現ネットワークの解明
2013.4 - 2016.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(B)
研究課題番号：25290067
神経系は多様なニューロンとグリア細胞から構成されており、共通の前駆細胞から生じるこれらの細胞が、各々固有の性質を獲得し、正しく配置されることが、神経系の機能発現のために必要である。そのしくみの解明は、神経発生学の中心課題であるが、胚発生が胎内で進行し、膨大な数と種類の細胞から構成される哺乳類の神経系では、その理解はきわめて断片的である。本研究では、研究代表者と分担者の共同研究の成果に立脚し、ゲノムも神経系もともにシンプルなホヤとメダカを用い、神経系の各細胞が固有の性質を獲得するためのゲノム情報発現ネットワークを探る。(1)転写因子とシス調節配列の相互作用、(2)細胞間シグナル、(3)ノンコーディングRNAによる制御、(4)染色体上の遺伝子配置に連関した制御、をネットワークの基本要素ととらえ、脊索動物に普遍的な神経系構築のメカニズムの解明をめざす。
Other External funds procured 【 display / non-display 】
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マイクロRNAによる視細胞多様性形成制御
2015.6
その他財団等 公益財団法人武田科学振興財団 2015年度生命科学研究助成
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イン・シリコ解析と発生遺伝学による高精度なシス調節配列予測法の開発
2011.4 - 2012.3
公益財団法人 (財)ひょうご科学技術協会 平成23年度一般学術研究助成
遺伝子がいつどこではたらくかを決めるDNA配列（シス調節配列）は、生命活動を根底で支えているが、大半が未解明である。海産動物ホヤをモデルに用い、実験生物学の手法とコンピュータを駆使して、シス調節配列を高精度に予測する方法を開発する。
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モデル脊索動物ホヤにおけるドーパミン神経系の構造と機能
2006.4 - 2008.3
独立行政法人日本学術振興会 日仏交流促進事業SAKURA
ホヤにおけるドーパミン神経細胞の発生機構と遊泳運動における機能を解析した。
共同研究者：Philippe Vernier（フランスCNRS・研究部長） -
ホヤ光受容器における遺伝子制御ネットワークの解析
2005.10 - 2006.9
その他財団等 公益信託・成茂動物科学振興基金 平成17年度研究助成
ホヤ幼生の光受容器の発生プログラムを解明するために、光受容器で発現する遺伝子群の発現制御に関わる転写因子とシス制御配列の機能解析を行った。
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神経細胞の個性を規定する遺伝子群の同定と機能解析
2005.4 - 2006.3
自治体 (財)ひょうご科学技術協会 平成17年度奨励研究助成
神経系を構成する多様な神経細胞の各々について、その個性を規定する遺伝子群を同定し、ノックダウン実験や細胞発現実験などにより、機能解析を行った。
Joint and Contract research activities (Public) 【 display / non-display 】
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モデル脊索動物を用いた神経系細胞の個性化を司るゲノム情報発現ネットワークの解明
Offer organization：東京大学 Domestic Joint Research
2013.4
神経系は多様なニューロンとグリア細胞から構成されており、共通の前駆細胞から生じるこれらの細胞が、各々固有の性質を獲得し、正しく配置されることが、神経系の機能発現のために必要である。そのしくみの解明は、神経発生学の中心課題であるが、胚発生が胎内で進行し、膨大な数と種類の細胞から構成される哺乳類の神経系では、その理解はきわめて断片的である。本研究では、研究代表者と分担者の共同研究の成果に立脚し、ゲノムも神経系もともにシンプルなホヤとメダカを用い、神経系の各細胞が固有の性質を獲得するためのゲノム情報発現ネットワークを探る。(1)転写因子とシス調節配列の相互作用、(2)細胞間シグナル、(3)ノンコーディングRNAによる制御、(4)染色体上の遺伝子配置に連関した制御、をネットワークの基本要素ととらえ、脊索動物に普遍的な神経系構築のメカニズムの解明をめざす。
共同研究者：中井謙太（東京大学医科学研究所・教授）、鈴木穣（東京大学新領域創成科学研究科・教授） -
転写因子とシス調節DNAの核内動態に基づく細胞特異的転写調節ロジックの解明
Offer organization：東京大学、(独)沖縄科学技術研究基盤整備機構 Domestic Joint Research
2010.4 - 2014.3
遺伝子発現を制御するゲノムＤＮＡ配列（シス調節配列）は、発見が困難であるため、その重要性にも関わらずいまだに大半が未同定である。ホヤは脊椎動物にもっとも近縁な無脊椎動物で、ゲノムサイズが小さく、発生過程における遺伝子制御の研究に適した多くの特徴を備えている。本研究では、転写開始点と転写因子結合部位をホヤゲノム上にマッピングするとともに、共発現遺伝子座領域の染色体動態を解析し、その過程に関与するDNA配列を決定する。これらの情報とイン・ビボ実験およびイン・シリコ解析を統合して、細胞特異的な遺伝子発現制御に関わる転写因子とシス調節領域の相互作用の実体を明らかにし、脊椎動物ゲノムにも適用可能な転写調節ロジックの解明をめざす。
共同研究者：中井謙太（東京大学医科学研究所・教授）、鈴木穣（東京大学新領域創成科学研究科・准教授）、將口栄一（独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構・研究員） -
脊索動物モデルを活用した高精度なシス調節配列予測法の開発
Offer organization：東京大学医科学研究所 Domestic Joint Research
2010.4 - 2013.3
遺伝子発現を制御するゲノムDNA配列（シス調節配列）は、発見が困難であるため、いまだに大半が未同定である。全ゲノムが解読され、ゲノムサイズが小さく、個体レベルのDNA機能解析が容易なホヤとメダカをモデルとして、高精度なシス配列予測法の確立をめざす。
共同研究者：中井謙太（東京大学医科学研究所・教授） -
ホヤゲノムにコードされる小分子RNAの包括的探索
Offer organization：東京大学医科学研究所、神戸大学大学院理学研究科 Domestic Joint Research
2008.4 - 2011.3
ホヤゲノムにコードされる機能性小分子ノンコーディングRNAを網羅的・体系的に同定し、in vivoおよびin vitroの検証実験と機能解析を行う。
共同研究者：中井謙太（東京大学医科学研究所・教授）、井上邦夫（神戸大学理学研究科・教授） -
モデル脊索動物ホヤにおけるドーパミン神経系の構造と機能
Offer organization：フランスCNRS International Joint Research
2006.4 - 2008.3
ホヤにおけるドーパミン神経細胞の発生機構と遊泳運動における機能を解析した。
共同研究者：Philippe Vernier（フランスCNRS・研究部長）
1850000円
Ｈ18.4.1～Ｈ20.3.31
日仏交流促進事業SAKURA
Preferred joint research theme 【 display / non-display 】
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感覚器の微細構造と機能の解析
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単一神経細胞の遺伝子プロファイリングと機能解析
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転写制御配列のゲノムインフォマティクス
Committee Memberships 【 display / non-display 】
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2020.9 日本動物学会 理事
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2017.5 NBRPカタユウレイボヤ運営委員会 委員長
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2015.4 - 2017.3 公益財団法人ひょうご科学技術協会 学術研究助成審査委員会 委員
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2015.4 - 2017.3 一般財団法人大阪科学技術センター 参与
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2011.8 - 2012.7 日本学術振興会 特別研究員等審査会・国際事業委員会 特別研究員等審査会専門委員及び国際事業委員会書面審査員
Social Activities 【 display / non-display 】
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日本生物学オリンピック２０１２予選実施
2012.7
日本生物学オリンピックは、生物学の面白さや楽しさを体験してもらうことを目的とする、高校生などを対象にした全国規模のコンテストであり、国際生物学オリンピック日本代表選考を兼ねている。甲南大学岡本キャンパスを会場として予選を実施した。
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中学校キャンパスツアー
2012.7
地域連携センターKORECが開催した本山中学校キャンパスツアーにおいて、生物コースを担当した。
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甲南大学理工学部公開講演会
2012.6
理工学部主催公開講演会「いきものってフシギ！おもしろい！ 〜生き物の美しさに潜む新たな発見〜」で「脳と目ができるまで」というタイトルの講演を行った。
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国際生物学オリンピック日本代表生徒に対する個別教育
2012.4 - 2012.7
第23回国際生物学オリンピックの日本代表生徒の個別指導を行った（同生徒は国際生物学オリンピックで銀メダルを受賞）。
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甲南高校テーマ学習の個別指導
2011.11
甲南高校のテーマ学習の一環で「クローン人間はなぜできないのか」というテーマに関してアドバイスを行った。