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Position |
Professor |
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Research Field |
Life Science / Biodiversity and systematics, Life Science / Aquatic bioproduction science |
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Other name(s) |
論文などでは Daiske HONDA の表記を使用している |
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External Link |
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Graduating School 【 display / non-display 】
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University of Tsukuba Second Cluster of College Graduated
1985.4 - 1989.3
Graduate School 【 display / non-display 】
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University of Tsukuba Graduate School, Division of Bioresearch Doctor's Course Completed
1990.4 - 1995.3
Campus Career 【 display / non-display 】
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KONAN UNIVERSITY Faculty of Science and Engineering Faculty of Science and Engineering Department of Biology Professor
2012.4
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KONAN UNIVERSITY Faculty of Science and Engineering Faculty of Science and Engineering Department of Biology Associate Professor
2007.4 - 2012.3
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KONAN UNIVERSITY Faculty of Science and Engineering Faculty of Science and Engineering Department of Biology Lecturer
2001.4 - 2007.3
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理学部 講師
1999.10 - 2001.3
External Career 【 display / non-display 】
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株式会社 海洋バイオテクノロジー研究所
1999.4 - 1999.9
Country：Japan
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東京大学分子細胞生物学研究所
1997.4 - 1999.3
Country：Japan
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株式会社 海洋バイオテクノロジー研究所
1995.9 - 1997.3
Country：Japan
Papers 【 display / non-display 】
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PUFA synthase-independent DHA synthesis pathway in Parietichytrium sp. and its modification to produce EPA and n-3DPA Reviewed International journal
Yohei Ishibashi, Hatsumi Goda, Rie Hamaguchi, Keishi Sakaguchi, Takayoshi Sekiguchi, Yuko Ishiwata, Yuji Okita, Seiya Mochinaga, Shingo Ikeuchi, Takahiro Mizobuchi, Yoshitake Takao, Kazuki Mori, Kosuke Tashiro, Nozomu Okino, Daiske Honda, Masahiro Hayashi, Makoto Ito
Communications Biology 4 ( 1 ) 1378 2021.12
Joint Work
Publisher：Springer Science and Business Media LLC
Abstract
The demand for n-3 long-chain polyunsaturated fatty acids (n-3LC-PUFAs), such as docosahexaenoic acid (DHA) and eicosapentaenoic acid (EPA), will exceed their supply in the near future, and a sustainable source of n-3LC-PUFAs is needed. Thraustochytrids are marine protists characterized by anaerobic biosynthesis of DHA via polyunsaturated fatty acid synthase (PUFA-S). Analysis of a homemade draft genome database suggested that Parietichytrium sp. lacks PUFA-S but possesses all fatty acid elongase (ELO) and desaturase (DES) genes required for DHA synthesis. The reverse genetic approach and a tracing experiment using stable isotope-labeled fatty acids revealed that the ELO/DES pathway is the only DHA synthesis pathway in Parietichytrium sp. Disruption of the C20 fatty acid ELO (C20ELO) and ∆4 fatty acid DES (∆4DES) genes with expression of ω3 fatty acid DES in this thraustochytrid allowed the production of EPA and n-3docosapentaenoic acid (n-3DPA), respectively, at the highest level among known microbial sources using fed-batch culture.DOI： 10.1038/s42003-021-02857-w
Other Link： https://www.nature.com/articles/s42003-021-02857-w
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Draft Genome Sequence of Sicyoidochytrium minutum DNA Virus Strain 001 Reviewed International journal
Yumi Murakoshi, Takayuki Shimeki, Daiske Honda, Yoshitake Takao
Microbiology Resource Announcements 10 ( 23 ) e00418-21 2021.6
Joint Work
Publisher：American Society for Microbiology
Sicyoidochytrium minutum DNA virus strain 001 (SmDNAV 001) is a double-stranded DNA (dsDNA) virus that infects the marine fungoid protist Sicyoidochytrium minutum . We report the draft genome sequence of SmDNAV 001. The 236,345-bp genome contained 358 coding sequences (CDSs) and three tRNA-coding sequences.
DOI： 10.1128/mra.00418-21
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Taming chlorophylls by early eukaryotes underpinned algal interactions and the diversification of the eukaryotes on the oxygenated Earth. Reviewed International coauthorship International journal
Kashiyama, Y., Yokoyama, A., Shiratori, T., Hess, S., Not, F., Bachy, C., Gutierrez-Rodriguez, A., Kawahara, J., Suzaki, T., Nakazawa, M., Ishikawa, T., Maruyama, M., Wang, M., Chen, M., Gong, Y., Seto, K., Kagami, M., Hamamoto, Y., Honda, D., Umetani, T., Shihongi, A., Kayama, M., Matsuda, M., Taira, J., Yabuki, A., Tsuchiya, M., Hirakawa, Y., Kawaguchi, A., Nomura, M., Nakamura, A., Namba, N., Matsumoto, M., Tanaka, T., Yoshino, T., Higuchi, R., Yamamoto, A., Maruyama, T., Yamaguchi, A., Uzuka, A., Miyagishima, S., Tanifuji, G., Kawachi, M., Kinoshita, Y., Tamiaki, H.
The ISME Journal 13 1899 - 1910 2019.2
Joint Work
Extant eukaryote ecology is primarily sustained by oxygenic photosynthesis, in which chlorophylls play essential roles. The exceptional photosensitivity of chlorophylls allows them to harvest solar energy for photosynthesis, but on the other hand, they also generate cytotoxic reactive oxygen species. A risk of such phototoxicity of the chlorophyll must become particularly prominent upon dynamic cellular interactions that potentially disrupt the mechanisms that are designed to quench photoexcited chlorophylls in the phototrophic cells. Extensive examination of a wide variety of phagotrophic, parasitic, and phototrophic microeukaryotes demonstrates that a catabolic process that converts chlorophylls into nonphotosensitive 132,173-cyclopheophorbide enols (CPEs) is phylogenetically ubiquitous among extant eukaryotes. The accumulation of CPEs is identified in phagotrophic algivores belonging to virtually all major eukaryotic assemblages with the exception of Archaeplastida, in which no algivorous species have been reported. In addition, accumulation of CPEs is revealed to be common among phototrophic microeukaryotes (i.e., microalgae) along with dismantling of their secondary chloroplasts. Thus, we infer that CPE-accumulating chlorophyll catabolism (CACC) primarily evolved among algivorous microeukaryotes to detoxify chlorophylls in an early stage of their evolution. Subsequently, it also underpinned photosynthetic endosymbiosis by securing close interactions with photosynthetic machinery containing abundant chlorophylls, which led to the acquisition of secondary chloroplasts. Our results strongly suggest that CACC, which allowed the consumption of oxygenic primary producers, ultimately permitted the successful radiation of the eukaryotes throughout and after the late Proterozoic global oxygenation.
DOI： 10.1038/s41396-019-0377-0
Other Link： https://www.nature.com/articles/s41396-019-0377-0
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Nutritional intake of Aplanochytrium (Labyrinthulea, Stramenopiles) from living diatoms revealed by culture experiments suggesting the new prey–predator interactions in the grazing food web of the marine ecosystem. Reviewed International journal
Hamamoto, Y., Honda, D.
PLoS ONE 14 ( 1 ) e0208941 2019.1
Joint Work
Authorship：Last author, Corresponding author
Labyrinthuleans (Labyrinthulea, Stramenopiles) are recognized as decomposers in marine ecosystems but their nutrient sources are not fully understood. We conducted two-mem- bered culture experiments with labyrinthuleans and diatoms to discover where labyrinthu- leans obtain their nutrients from. The results showed that Aplanochytrium strains obtained nutrients by consuming living diatoms. Aplanochytrium cells did not release digestive enzymes into the medium, but adhered to diatom cells via the tip of their characteristic ecto- plasmic net system to obtain nutrients from them. The chloroplast and cell contents of the diatoms shrank and were absorbed, and then the number of Aplanochytrium cells rapidly increased as multiple aplanospores were released. To estimate the effect of labyrinthulean organisms including Aplanochytrium on marine ecosystem, we explored the dataset gener- ated by the Tara Oceans Project from a wide range of oceanic regions. The average propor- tion of all labyrinthulean sequences to diatom sequences at each station was about 10%, and labyrinthulids, oblongichytrids, and aplanochytrids were the major constituent genera, accounting for more than 80% of labyrinthuleans. Therefore, these groups are suggested to greatly affect the marine ecosystem. There were positive correlations between aplanochy- trids and phototrophs, green algae, and diatoms. At many stations, relatively large propor- tions of aplanochytrid sequences were detected in the size fraction larger than their cell size. This implied that Aplanochytrium cells increased their particle size by adhering to each other and forming aggregates with diatoms that are captured by larger zooplankton in the environment, thereby bypassing the food web pathway via aplanochytrids to higher preda- tors. The intake of nutrients from diatoms by aplanochytrids represents a newly recognized pathway in the grazing food chain in the marine ecosystem.
DOI： 10.1371/journal.pone.0208941
Other Link： https://doi.org/10.1371/journal.pone.0208941
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Erratum to “Nutritional Intake by Ectoplasmic Nets of Schizochytrium aggregatum (Labyrinthulomycetes, Stramenopiles" (Protist (2018) 169(5) (727–743), (S1434461018300622) (10.1016/j.protis.2018.06.002)) Reviewed International journal
Iwata I, Honda D.
Protist 169 ( 6 ) 978 - 979 2018.12
Joint Work
Authorship：Last author, Corresponding author
DOI： 10.1016/j.protis.2018.11.005
Other Link： http://orcid.org/0000-0002-3436-4561
Books and Other Publications 【 display / non-display 】
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アメーバのはなし
本多大輔（ Role： Joint author , Column 5 応用利用される微細藻類）
朝倉書店 2018.9 （ ISBN:978-4-254-17168-6 ）
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Handbook of the Protists
Bennett R.M., Honda D., Beakes G.W., Thines M.（ Role： Contributor , Labyrinthulomycota）
Springer, Cham 2017.8 （ ISBN:978-3-319-28147-6 ）
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食と微生物の事典
本多 大輔（ Role： Sole author , DHAをつくる微生物 pp. 172-173）
朝倉書店 2017.7 （ ISBN:978-4-254-43121-6 ）
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菌類の生物学 −分類・系統・生態・環境・利用−
本多大輔（ラビリンチュラ菌類）
共立出版 2014.9 （ ISBN:978-4320057326 ）
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Systematics and Evolution. The Mycota (A Comprehensive Treatise on Fungi as Experimental Systems for Basic and Applied Research), vol 7A.
Beakes G.W., Honda D., Thines M.（ Role： Contributor , 3 Systematics of the Straminipila: Labyrinthulomycota, Hyphochytriomycota, and Oomycota.）
Springer, Berlin, Heidelberg 2014.7
Review Papers (Misc) 【 display / non-display 】
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従属栄養性藻類ラビリンチュラ類の日本における系統的多様性と分布 Invited
鈴木 大智，上田 真由美，岩田 いづみ，土井 耕作，中澤 敦，吉田 昌樹，本多 大輔，石田 健一郎
アグリバイオ 6 ( 12 ) 60 - 64 2022.11
Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal)
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特集「ラビリンチュラ類の生物学と産業応用」によせて
本多大輔
海洋と生物 38 ( 1 ) 3 - 4 2016.2
Authorship：Lead author Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (trade magazine, newspaper, online media) Publisher：生物研究社
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Diversity and ecological role of labyrinthulomycetes
Mayumi Ueda, Yuka Nonura, Kosaku Doi, Masaki Nakajima, Daiske Honda
Aquabiology 38 ( 1 ) 5 - 11 2016.2
Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (trade magazine, newspaper, online media)
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海の生態系を支える縁の下の力持ち
本多大輔
読売新聞 2010.5
Authorship：Lead author Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (other) Publisher：読売新聞社
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特集 「ノリの病気」によせて
川村嘉応，本多大輔，有賀祐勝
海洋と生物 31 ( 6 ) 599 - 600 2009.12
Publishing type：Article, review, commentary, editorial, etc. (scientific journal) Publisher：生物研究社
Presentations 【 display / non-display 】
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樋口 里樹、平川 育美、本多 大輔
第9回ラビリンチュラシンポジウム (徳島大学 常三島キャンパス) 2024.8 ラビリンチュラシンポジウム世話人
Event date： 2024.8
Country：Japan
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Labyrinthula 属の珪藻に対する捕食過程における微細形態の観察
田中 麻裕、樋口 里樹、本多 大輔
第9回ラビリンチュラシンポジウム (徳島大学 常三島キャンパス) 2024.8 ラビリンチュラシンポジウム世話人
Event date： 2024.8
Country：Japan
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珪藻捕食性ラビリンチュラ類アプラノキトリウム類の海洋生態系の DHA 転送にお ける影響力
森本 冬海、浜本 洋子、庄野 孝範、上田 真由美、桑田 晃、谷内 由貴子、黒田 寛、田所 和明、辻村 裕紀、宮岡 利樹、茂木 大地、 中井 亮佑、長井 敏、松本 朋子、菊地 淳、本多 大輔
第9回ラビリンチュラシンポジウム (徳島大学 常三島キャンパス) 2024.8 ラビリンチュラシンポジウム世話人
Event date： 2024.8
Country：Japan
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Aplanochytrium の環境海洋中での細胞の存在様式とその生態学的意義
佐伯 奈緒子、岩本 望、桑田 晃、本多 大輔
第9回ラビリンチュラシンポジウム (徳島大学 常三島キャンパス) 2024.8 ラビリンチュラシンポジウム世話人
Event date： 2024.8
Country：Japan
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オイル産生珪藻Fistulifera solaris からのオイル抽出効率を上げる分解酵素の探索
樋口里樹・平川育美・本多大輔
日本藻類学会第48回大会 (神戸大学) 2024.3 日本藻類学会
Event date： 2024.3
Country：Japan
藻類由来のバイオ燃料生産技術開発が世界的に進められているが，微細藻類からオイルを取り出す工程には多くのエネルギーを必要とすることから，簡単且つ効率的にオイルを抽出することは重要な課題となっている。電源開発株式会社によって環境中から分離された海洋の珪藻Fistulifera solaris JPCC DA0580株（以下，ソラリス）は，細胞内に大量の中性脂質のオイルを蓄積し，屋外でも安定して培養できるというオイル産生藻類として有用な特徴を持つ。そこでソラリスを用いて，藻体を覆う珪酸質の被殻や粘性の分泌物を分解しオイル抽出効率を上げる酵素を探索した。
オイルを蓄積したソラリスを回収し，酵素溶液に一定時間浸した後に，凍結乾燥とヘキサン抽出を行いオイルの抽出量を測定した。酵素剤14種類について試験した結果，パパインとデナプシン2PとセルラーゼSSという3種類の酵素剤でオイルの抽出量が増加した。特にパパインはオイル抽出量が1.2〜1.5倍増加したことに加えて，加熱処理やpH調整が不要で扱いやすいことからオイル抽出効率を上げる方法として期待できる。
また，原生生物Labyrinthula sp.はソラリスを旺盛に捕食し，細胞内に高度にオイルを蓄積する特徴を持つ。オイルを蓄積したソラリスと少量のLabyrinthula sp.との混合培養を行い，オイル抽出効率が高くなるタイミングがあるかを検証し，微細藻類からのオイル抽出に他生物を利用するという新しいモデルの確立を目指す。
Industrial property rights 【 display / non-display 】
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海産従属栄養性藻類を含有する粒子を給餌することを特徴とする海産魚類の種苗生産方法
今村 伸太朗 , 石原 賢司 , 加藤 智美 , 石田 健一郎 , 吉田 昌樹 , 本多 大輔 , 青谷 樹里
Application no：特願2017-229703
Announcement no：特開2019-097432
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ラビリンチュラ類の珪藻捕食を利用した有用物質の製造法
本多大輔，浜本洋子
Application no：特願2016-177575
Announcement no：特開2017-51187
Patent/Registration no：特許第6815624号
【課題】経済性や効率性に優れたラビリンチュラ類の培養方法、及び、そのような培養方法を利用して、ラビリンチュラ類が産生する有用物質を安価に製造できる方法を提供すること。
【解決手段】ラビリンチュラ類微生物を珪藻と共に培地中で培養することを含む、ラビリンチュラ類微生物の培養方法。 -
ストラメノパイルの形質転換方法
坂口 圭史 , 濱口 理恵 , 松田 高宜 , 伊東 信 , 長野 直樹 , 林 雅弘 , 本多 大輔 , 沖田 裕司 , 杉本 愼一
Application no：特願2016-142299
Announcement no：特開2016-189787
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微生物油産生ラビリンチュラ類、微生物油、ならびにそれらの作成方法およびそれらの使用
沖田 裕司 , 伊東 信 , 濱口 理恵 , 合田 初美 , 持永 聖也 , 本多 大輔
Application no：JP2016069825
Publication no：WO2017-006918
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ヤブレツボカビ類を用いたリグニン分解活性を有するタンパク質の製造方法
田岡 洋介 , 林 雅弘 , 本多 大輔
Application no：JP2016050571
Publication no：WO2016-111368
Other Research Activities 【 display / non-display 】
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第181回海洋フォーラム「赤潮はどこまで解明されたか?―最新科学が明らかにする海の素顔―」
2021.5
YouTube 配信 菊地 淳,長井 敏,本多 大輔,伊藤 克敏,五條堀 孝,長﨑 慶三,古川 恵太 Symposium
今回の海洋フォーラムでは、農林水産研究推進事業委託プロジェクト研究として実施された「有害プランクトンに対応した迅速診断技術の開発」の成果を発表いただきます。本プロジェクトでは、海のビッグデータとも言える最新オミクス研究やAI技術を駆使し、赤潮発生・終息予測技術を開発することで、海洋環境モニタリングと有害プランクトン対策の新たな基軸がみえてきました。研究者からのホットな発表と視聴者からの質問を元にしたコーディネイターによる対話セッションをつないでお送りします。
Academic Awards Received 【 display / non-display 】
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The G. F. Papenfuss Poster Award
2009.8 国際藻類学会
上田真由美，野村友佳，角江智弘，本多大輔
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日本菌学会平塚賞
2009.5 日本菌学会
横山林香，本多大輔
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日本菌学会50周年記念大会ポスター賞
2006.6 日本菌学会
横山林香，K. W. Liew，S. Baharuddin，本多大輔
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日本藻類学会論文賞
2003.3 日本藻類学会
Kawachi, M., Inouye, I., Honda, D., O'Kelly, C. J., Bailey, J. C., Bidigare, R. R. and Andersen, R. A.
Grant-in-Aid for Scientific Research 【 display / non-display 】
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原生生物ラビリンチュラ類の海洋環境中における捕食・被捕食関係の解明
2024.4 - 2027.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(C)
本多大輔
Authorship：Principal investigator
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原生生物ラビリンチュラ類の食物網を介した魚類のDHA蓄積への影響力の解明
2021.4 - 2024.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(B)
本多 大輔、桑田 晃,菊地 淳,長井 敏,柏山 祐一郎,今井 博之,辻村 裕紀
Authorship：Principal investigator
魚類のDHAは必須脂肪酸として食物連鎖を通して供給されていると考えられている。一 方，海洋に普遍的に存在する原生生物ラビリンチュラ類は，DHAを生合成することで知られ， 分解者として無視できない影響力をもつことが示唆されてきた。さらに研究代表者らによっ て，珪藻類から効率良く栄養摂取する系統群が発見されたこと，環境DNAの解析からバイオ マスが比較的大きいと予想されたことから，魚類のDHAの大本の供給源になっている可能性 が示唆されるに至っている。そこで，本研究では，ラビリンチュラ類の現存量と多様性を精 査して，関係する一次生産者や捕食者を解明し，それらの間でのエネルギー流量の測定をす ることで，食物網における影響力を見極めることを目的とする。
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海洋生態系におけるラビリンチュラ類の役割の解明〜魚類のDHAの起源を探る〜
2017.4 - 2020.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(B)
魚類のDHAは必須脂肪酸として食物連鎖を通して供給されていると考えられている。一方，海洋に普遍的に存在する原生生物ラビリンチュラ類は， DHAを生合成することで知られ，分解者として無視できない影響力をもつことが示唆されてきた。さらに研究代表者らによって，珪藻類から効率良く栄養摂取する系統群が発見されたこと，環境DNAの解析からバイオマスが比較的大きいと予想されたこと，捕食者の消化管に豊富に検出されることから，魚類のDHAの大本の供給源になっている可能性が示唆されるに至っている。そこで，本研究では，ラビリンチュラ類の現存量と多様性を精査して，関係する一次生産者や捕食者を解明し，それらの間でのエネルギー流量の測定をすることで，魚類全体への影響力を見極める。
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ラビリンチュラ類の網羅的分離法の開発と，分離株に基づく分類体系の再整理
2014.4 - 2017.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(C)
ラビリンチュラ類のうち，特にヤブレツボカビ科の基準属であるヤブレツボカビ属は，17種を含む最大の属であるが，少なくとも５つの系統群に分かれて位置するという分類学的な問題点が顕在化している。これは，基準種Thraustochytrium proliferumとされる株が存在しないことで，真の（狭義の）ヤブレツボカビ属の位置が不明であることが原因である。本研究では，T. proliferumの基準産地であるアメリカ，ウッズホールで，原記載にある緑藻ハネモから再分離を行い，この株の性状に基づいてヤブレツボカビ属の再定義をした上で，他の系統群について区別できる形質を見出して，分類学的整理を行いたい。そこで，環境DNA解析を同時に行うことで，現場に存在する全てのラビリンチュラ類を把握し，それを網羅的に分離する方法を確立することで，再分離の成功の可能性を高め，今後の有用株の探索にも貢献する。
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海洋の真核微生物ラビリンチュラ類が生態環境中の物質循環に与える役割の解明
2011.4 - 2014.3
JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(C)
海洋の真核微生物ラビリンチュラ類が生態環境中の物質循環に与える役割について，培養法およびDNA定量法からモニタリングを行って解明する。
Joint and Contract research activities (Public) 【 display / non-display 】
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ラビリンチュラの分類・同定
Offer organization：（株）日本水産株式会社 Domestic Joint Research
2006.4
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ノリの安定生産及び有明海の環境保全に関する研究
Offer organization：佐賀県地域産業支援センター General funded research
2006.4 - 2008.3
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有用脂肪酸産生ラビリンチュラ類の至適増殖条件の解明
Offer organization：大象株式会社（韓国） International Joint Research
2005.4 - 2006.3
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天然環境中の微生物機能を利用したアクアバイオリメディエーション
Offer organization：SDS Biotech General funded research
2004.4 - 2005.3
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沿岸環境創生技術の開発
Offer organization：（財）三重県産業支援センター Domestic Joint Research
2003.4 - 2008.3
ラビリンチュラの採取、分類、同定および培養条件を明らかにし、生育密度の把握に努める。また、ウシケノリの葉体から大量の胆胞子を放出させるための種々の方法を検討し、家畜飼料としての有効利用方法も探究する。
Preferred joint research theme 【 display / non-display 】
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海産動植物に対する病原性を示す原生生物の検出および防除
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高度不飽和脂肪酸を蓄積するラビリンチュラ類の探索
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真核微生物に感染するウイルスが生態に及ぼす影響について
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真核微生物に感染するウイルスの感染メカニズム
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有用原生動物の探索
Committee Memberships 【 display / non-display 】
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2011.4 - 2013.3 Editors
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2010.1 Associate Editors
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2006.1 - 2007.6 日本藻類学会 会計幹事
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2005.4 - 2006.3 日本菌学会 幹事（ＨＰ担当）
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2002.7 - 2004.4 Guest Editor of the Proceedings of Algae 2002
Social Activities 【 display / non-display 】
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沿岸海域栄養塩管理技術開発検討会委員
2011.4
水産庁委託「海面養殖業振興対策事業」の沿岸海域栄養塩管理技術開発における検討会の委員
Media Coverage 【 display / non-display 】
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ぶらっとラボ「DHA合成の秘密 微生物に」 Newspaper, magazine
朝日新聞 朝日新聞 夕刊 3ページ 2020.4
Author：Other
Recommended URL 【 display / non-display 】
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Laby Base
http://syst.bio.konan-u.ac.jp/labybase/
ラビリンチュラ類を紹介するページ
Biological Science