川上 純司 (カワカミ ジュンジ)
KAWAKAMI Junji
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職名 |
教授 |
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学位 |
博士(薬学)(北海道大学), 薬学修士(大阪大学) |
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外部リンク |
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出身学校 【 表示 ／ 非表示 】
出身大学院 【 表示 ／ 非表示 】
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北海道大学 薬学研究科 製薬化学専攻 博士課程 修了
1991年4月 - 1994年3月
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大阪大学 薬学研究科 薬品化学専攻 修士課程 修了
1989年4月 - 1991年3月
学内職務経歴 【 表示 ／ 非表示 】
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甲南大学 フロンティアサイエンス学部 生命化学科 教授
2009年4月 - 現在
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甲南大学 理工学部 機能分子化学科 准教授
2007年4月 - 2009年3月
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甲南大学 理工学部 機能分子化学科 助教授
2005年4月 - 2007年3月
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甲南大学 理工学部 機能分子化学科 講師
2001年4月 - 2005年3月
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甲南大学 理学部 化学科 講師
1996年4月 - 2001年3月
学外略歴 【 表示 ／ 非表示 】
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Professor, Department of Nanobiochemistry, FIRST, Konan University
2009年 - 現在
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甲南大学 フロンティアサイエンス学部 教授
2009年 - 現在
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Associate Professor, Faculty of Science and Engineering, Konan University
2005年 - 2009年
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Visiting Fellow, Yale University
2001年 - 2002年
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YALE大学 客員研究員
2001年 - 2002年
所属学協会 【 表示 ／ 非表示 】
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高分子学会
1996年4月 - 現在
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日本薬学会
1990年4月 - 現在
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日本生化学会
1991年4月 - 2019年7月
論文 【 表示 ／ 非表示 】
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Different reactivity of Sp and Rp isomers of phosphorothioate-modified oligonucleotides in a duplex structure 査読あり
Md Ariful Islam, Aki Fujisaka, Junji Kawakami, Takao Yamaguchi, Satoshi Obika
Bioorg. Med. Chem. Lett. 30 ( 14 ) 127166 - 127166 2020年
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Enhancement of exon skipping activity by reduction in the secondary structure content of LNA-based splice-switching oligonucleotides 査読あり
T. Shimo, K. Tachibana, Y. Kawawaki, Y. Watahiki, T. Ishigaki, Y. Nakatsuji, T. Hara, J. Kawakami and S. Obika
Chem. Commun. 55 6850 - 6853 2019年4月
共著
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Enhancement of exon skipping activity by reduction in the secondary structure content of LNA-based splice-switching oligonucleotides 査読あり
T. Shimo, K. Tachibana, Y. Kawawaki, Y. Watahiki, T. Ishigaki, Y. Nakatsuji, T. Hara, J. Kawakami, S. Obika
Chem. Commun. 55 6850 - 6853 2019年
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Quantification of stabilization effect of co-solutes on RNA tertiary interaction
Natsumi Sasaki, Daisuke Miyoshi and Junji Kawakami
Proc. 44th Intl. Symp. Nucleic Acid Chemistry 174 - 175 2017年11月
共著
担当区分：筆頭著者
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Influence of intracellular environment on allosteric ribozyme activity
Misaki Kameno, Mika Sawada, Nae Sakimoto and Junji Kawakami
Proc. 44th Intl. Symp. Nucleic Acid Chemistry 178 - 179 2017年11月
共著
担当区分：筆頭著者
書籍等出版物 【 表示 ／ 非表示 】
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ゼロからはじめるバイオ実験マスターコース③ 細胞培養トレーニング
西方敬人, 川上純司, 藤井敏司, 長濱宏治, 川内敬子（ 担当： 共著）
学研メディカル秀潤社 2015年4月 （ ISBN:9784780909036 ）
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ゼロからはじめるバイオ実験マスターコース② 遺伝子組換え基礎実習
西方敬人, 川上純司, 藤井敏司, 長濱宏治（ 担当： 共著）
学研メディカル秀潤社 2012年12月 （ ISBN:978-4-7809-0862-6 ）
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ゼロからはじめるバイオ実験マスターコース① 実験の基本と原理
西方敬人, 川上純司, 藤井敏司, 長濱宏治（ 担当： 共著）
学研メディカル秀潤社 2012年9月 （ ISBN:978-4-7809-0856-5 ）
総説・解説記事（Misc） 【 表示 ／ 非表示 】
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Pyrrolidinyl peptide nucleic acid with α/β-peptide backbone - A conformationally constrained PNA with unusual hybridization properties
C. Vilaivan, C. Srisuwannaket, C. Ananthanawat, C. Suparpprom, J. Kawakami, Y. Yamaguchi, Y. Tanaka, T. Vilaivan
Artificial DNA: PNA & XNA 2 11 2011年
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Triplet analysis that identifies unpaired regions of functional RNAs
Junji Kawakami, Yoshie Yamaguchi, Naoki Sugimoto
Journal of Nucleic Acids 2011 2011年
We developed a novel method for analyzing RNA sequences, deemed triplet analysis, and applied the method in an in vitro RNA selection experiment in which HIV-1 Tat was the target. Aptamers are nucleic acids that bind a desired target (bait), and to date, many aptamers have been identified by in vitro selection from enough concentrated libraries in which many RNAs had an obvious consensus primary sequence after sufficient cycles of the selection. Therefore, the higher-order structural features of the aptamers that are indispensable for interaction with the bait must be determined by additional investigation of the aptamers. In contrast, our triplet analysis enabled us to extract important information on functional primary and secondary structure from minimally concentrated RNA libraries. As a result, by using our method, an important unpaired region that is similar to the bulge of TAR was readily predicted from a partially concentrated library in which no consensus sequence was revealed by a conventional sequence analysis. Moreover, our analysis method may be used to assess a variety of structural motifs with desired function. © 2011 Junji Kawakami et al.
DOI： 10.4061/2011/471843
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Comparative thermodynamic analysis of RNA-protein interaction on surface and in solution
Y. Tanaka, K. Ishidate, K. Kishimoto, N. Sugimoto, J. Kawakami
Proc. 37th Intl. Symp. Nucleic Acids Chemistry 276 2010年
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Accurate curve fitting procedure for UV melting analysis of highly thermostable RNA hairpins
J. Kawakami, Y. Tanaka, K. Kishimoto
Nucleic Acids Symp. Ser. 53 227 2009年
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Recognition of a flipped base in a hairpinloop DNA by a small peptide
Junji Kawakami, Shinji Okabe, Yoshiatsu Tanabe, Naoki Sugimoto
NUCLEOSIDES NUCLEOTIDES & NUCLEIC ACIDS 27 ( 3 ) 292 - 308 2008年3月
出版者・発行元：TAYLOR & FRANCIS INC
Two tiny hairpin DNAs, CORE (dAGGCTTCGGCCT) and AP2 (dAGGCTXCGGCCT,X:abasic nucleotide), fold into almost the same tetraloop hairpin structure with one exception, that is, the sixth thymine (T6) of CORE is exposed to the solvent water (Kawakami, J et al., Chem. Lett. 2001, 258-259). In the present study, we selected small peptides that bind to CORE or AP2 from a combinatorial pentapeptide library with 2.5 x 106 variants. On the basis of the structural information, the selected peptide sequences should indicate the essential qualifications for recognition of the hairpin loop DNA with and without a flipped base. In the selected DNA binding peptides, aromatic amino acids such as histidine for CORE and glutamine/aspartic acid for AP2 were found to be abundant amino acids. This amino acid preference suggests that CORE-binding peptides use)pi-pi stacking to recognize the target while hydrogen bonding is dominant for AP2-binding peptides. To investigate the binding properties of the selected peptide to the target, surface plasmon resonance was used. The binding constant of the interaction between CORE and a CORE-binding peptide (HWHHE) was about 1.1 x 10(6) M-1 at 25 degrees C and the resulting binding free energy change at 25 degrees C (Delta G(25)degrees) was - 8.2 kcal mol(-1). The binding of the peptide to AP2 was also analyzed and the resulting binding constant and Delta G(25)degrees were about 4.2 x 10(4) M-1 and -63 kcal mol(-1), respectively. The difference in the binding free energy changes (Delta Delta G(25)degrees) of 1.9 kcal mol(-1) was comparable to the values reported in other systems and was considered a consequence of the loss of pi-pi stacking. Moreover, the stabilization effect by stacking affected the dissociation step as well as the association step. Our results suggest that the existence Of an aromatic ring (T6 base) produces new dominant interactions between peptides and nucleic acids, although hydrogen bonding is the preferable mode of interaction in the absence of the flipping base. These findings regarding CORE and AP2 recognition are expected to give useful information in the design of novel artificial DNA binding peptides.
講演・口頭発表等 【 表示 ／ 非表示 】
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Locked nucleic acid (LNA) を導入した splice-switching oligonucleotides (SSO) の高次構造形成と活性の相関
中辻悠輔、下剛典、橘敬祐、川脇優希、綿引優花、石垣卓、原孝史、川上純司、小比賀聡
日本核酸医薬学会 第5回年会 (大阪) 日本核酸医薬学会
開催年月日： 2019年7月
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細胞内におけるASOのmRNA結合を検出するアプタセンサーの構築
綿引優花、石垣卓、谷口慎也、赤松由御、川上純司
日本核酸医薬学会 第5回年会 (大阪) 日本核酸医薬学会
開催年月日： 2019年7月
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好熱性細菌及び酵母菌による多段階培養発酵技術から得られた発酵エキスの有用性
川野大地、付子華、伊達朗、寥箏箏、聶菁、Eduardo Perez、Jose Fernandez、Corey Webb、Kristen Huber、Jeffry B. Stock、川上純司、孫培文
第44回日本香粧品学会 (東京)
開催年月日： 2019年6月
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好熱性細菌と酵母の共培養発酵技術から得られた発酵エキスTIRACLEの機能評価
付子華、川野大地、伊達朗、寥箏箏、聶菁、Eduardo Perez、Jose Fernandez、Corey Webb、Kristen Huber、Jeffry B. Stock、川上純司、孫培文
日本薬学会第139年会 (千葉) 日本薬学会
開催年月日： 2019年3月
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臨床試験中及び実用化された核酸医薬
谷口陽祐、川上純司、佐々木茂貴
日本薬学会第139年会 (千葉) 日本薬学会
開催年月日： 2019年3月
科研費（文科省・学振）獲得実績 【 表示 ／ 非表示 】
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ヘアピンループＤＮＡ／ＲＮＡを認識するモデルペプチドの速度論的機能評価
2004年4月 - 2006年3月
学術振興機構 科学研究費助成事業 若手研究(B)
ヘアピンループＤＮＡ／ＲＮＡを認識するモデルペプチドの速度論的機能評価
領域・整理
・課題番号
4706
7305
16750150 -
ヘアピンループＤＮＡ／ＲＮＡを認識するモデルペプチドの速度論的機能評価
2004年4月 - 2006年3月
学術振興機構 科学研究費助成事業 若手研究(B)
ヘアピンループＤＮＡ／ＲＮＡを認識するモデルペプチドの速度論的機能評価
領域・整理
・課題番号
4706
7305
16750150 -
ヘアピンループＤＮＡ／ＲＮＡを認識するモデルペプチドの速度論的機能評価
2004年4月 - 2006年3月
学術振興機構 科学研究費助成事業 若手研究(B)
ヘアピンループＤＮＡ／ＲＮＡを認識するモデルペプチドの速度論的機能評価
領域・整理
・課題番号
4706
7305
16750150
その他教育活動及び特記事項 【 表示 ／ 非表示 】
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2009年4月-現在
ゼロからはじめるバイオ実験マスターコース① 実験の基本と原理
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2009年4月-現在
ゼロからはじめるバイオ実験マスターコース② 実習編
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2009年4月-現在
ゼロからはじめるバイオ実験マスターコース③ 細胞培養トレーニング
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2019年7月
ベストレクチャー研修会
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2014年12月
FDワークショップ「Reflective Teaching - Understanding why we do what we do in the classroom?」
所属学協会等の委員歴 【 表示 ／ 非表示 】
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2015年4月 - 現在 日本核酸医薬学会 評議員、幹事、事務局
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2004年4月 - 2017年3月 高分子学会 バイオ・高分子研究会 運営委員
社会貢献活動 【 表示 ／ 非表示 】
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出張模擬講義
2014年12月
毒学 - 薬学へのいざない／兵庫県立舞子高等学校
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模擬講義
2014年12月
毒学／兵庫大学附属須磨ノ浦高等学校
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サイエンスパートナーシッププロジェクト
2014年8月
自然科学入門講座「身近な生活から最先端の遺伝子研究について学ぶ」- 遺伝子鑑定／兵庫県立星陵高等学校
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etc
2014年3月
遺伝子鑑定の精度・信憑性／兵庫県警察本部 刑事部
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模擬講義
2013年12月
くすりの科学／須磨ノ浦女子高等学校
提供可能な資源 【 表示 ／ 非表示 】
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生体高分子の合成・精製
生体高分子の合成・精製
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原核生物を用いたバイオテクノロジー
原核生物を用いたバイオテクノロジー
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分子間相互作用解析
分子間相互作用解析