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論文 【 表示 ／ 非表示 】

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• Different reactivity of Sp and Rp isomers of phosphorothioate-modified oligonucleotides in a duplex structure

  Md Ariful Islam, Aki Fujisaka, Junji Kawakami, Takao Yamaguchi, Satoshi Obika

  Bioorg. Med. Chem. Lett.     2020年

  共著

• Enhancement of exon skipping activity by reduction in the secondary structure content of LNA-based splice-switching oligonucleotides

  T. Shimo, K. Tachibana, Y. Kawawaki, Y. Watahiki, T. Ishigaki, Y. Nakatsuji, T. Hara, J. Kawakami and S. Obika

  Chem. Commun.   55   6850 - 6853   2019年04月  [査読有り]

  共著

• Enhancement of exon skipping activity by reduction in the secondary structure content of LNA-based splice-switching oligonucleotides

  T. Shimo, K. Tachibana, Y. Kawawaki, Y. Watahiki, T. Ishigaki, Y. Nakatsuji, T. Hara, J. Kawakami, S. Obika

  Chem. Commun.   55   6850 - 6853   2019年

  共著

• Influence of intracellular environment on allosteric ribozyme activity

  Misaki Kameno, Mika Sawada, Nae Sakimoto and Junji Kawakami

  Proc. 44th Intl. Symp. Nucleic Acid Chemistry     178 - 179   2017年11月

  共著

• Quantification of stabilization effect of co-solutes on RNA tertiary interaction

  Natsumi Sasaki, Daisuke Miyoshi and Junji Kawakami

  Proc. 44th Intl. Symp. Nucleic Acid Chemistry     174 - 175   2017年11月

  共著

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書籍等出版物 【 表示 ／ 非表示 】

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• 医薬品開発における中分子領域（核酸医薬・ペプチド医薬）の開発戦略

  川上 純司 (担当： その他 , 担当範囲: アンチセンス核酸医薬の作用機序 )

  情報機構  2019年10月

• ゼロからはじめるバイオ実験マスターコース③　細胞培養トレーニング

  西方敬人, 川上純司, 藤井敏司, 長濱宏治, 川内敬子 (担当： 共著 )

  学研メディカル秀潤社  2015年04月 ISBN: 9784780909036

• ゼロからはじめるバイオ実験マスターコース②　遺伝子組換え基礎実習

  西方敬人, 川上純司, 藤井敏司, 長濱宏治 (担当： 共著 )

  学研メディカル秀潤社  2012年12月 ISBN: 978-4-7809-0862-6

• ゼロからはじめるバイオ実験マスターコース①　実験の基本と原理

  西方敬人, 川上純司, 藤井敏司, 長濱宏治 (担当： 共著 )

  学研メディカル秀潤社  2012年09月 ISBN: 978-4-7809-0856-5

• ゼロからはじめるバイオ実験マスターコース1 実験の基本と原理

  西方敬人, 川上純司, 藤井敏司, 長濱宏治 (担当： その他 )

  秀潤社  2012年

総説・解説記事（Misc） 【 表示 ／ 非表示 】

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• Triplet analysis that identifies unpaired regions of functional RNAs

  Junji Kawakami, Yoshie Yamaguchi, Naoki Sugimoto

  Journal of Nucleic Acids   2011   2011年

  共著

  We developed a novel method for analyzing RNA sequences, deemed triplet analysis, and applied the method in an in vitro RNA selection experiment in which HIV-1 Tat was the target. Aptamers are nucleic acids that bind a desired target (bait), and to date, many aptamers have been identified by in vitro selection from enough concentrated libraries in which many RNAs had an obvious consensus primary sequence after sufficient cycles of the selection. Therefore, the higher-order structural features of the aptamers that are indispensable for interaction with the bait must be determined by additional investigation of the aptamers. In contrast, our triplet analysis enabled us to extract important information on functional primary and secondary structure from minimally concentrated RNA libraries. As a result, by using our method, an important unpaired region that is similar to the bulge of TAR was readily predicted from a partially concentrated library in which no consensus sequence was revealed by a conventional sequence analysis. Moreover, our analysis method may be used to assess a variety of structural motifs with desired function. © 2011 Junji Kawakami et al.

  DOI

• Pyrrolidinyl peptide nucleic acid with α/β-peptide backbone - A conformationally constrained PNA with unusual hybridization properties

  C. Vilaivan, C. Srisuwannaket, C. Ananthanawat, C. Suparpprom, J. Kawakami, Y. Yamaguchi, Y. Tanaka, T. Vilaivan

  Artificial DNA: PNA & XNA   2   11   2011年

  共著

  DOI

• Comparative thermodynamic analysis of RNA-protein interaction on surface and in solution

  Y. Tanaka, K. Ishidate, K. Kishimoto, N. Sugimoto, J. Kawakami

  Proc. 37th Intl. Symp. Nucleic Acids Chemistry     276   2010年

  共著

• Accurate curve fitting procedure for UV melting analysis of highly thermostable RNA hairpins

  J. Kawakami, Y. Tanaka, K. Kishimoto

  Nucleic Acids Symp. Ser.   53   227   2009年

  共著

• Recognition of a flipped base in a hairpinloop DNA by a small peptide

  Junji Kawakami, Shinji Okabe, Yoshiatsu Tanabe, Naoki Sugimoto

  NUCLEOSIDES NUCLEOTIDES & NUCLEIC ACIDS ( TAYLOR & FRANCIS INC )  27 ( 3 ) 292 - 308   2008年03月

  共著

  Two tiny hairpin DNAs, CORE (dAGGCTTCGGCCT) and AP2 (dAGGCTXCGGCCT,X:abasic nucleotide), fold into almost the same tetraloop hairpin structure with one exception, that is, the sixth thymine (T6) of CORE is exposed to the solvent water (Kawakami, J et al., Chem. Lett. 2001, 258-259). In the present study, we selected small peptides that bind to CORE or AP2 from a combinatorial pentapeptide library with 2.5 x 106 variants. On the basis of the structural information, the selected peptide sequences should indicate the essential qualifications for recognition of the hairpin loop DNA with and without a flipped base. In the selected DNA binding peptides, aromatic amino acids such as histidine for CORE and glutamine/aspartic acid for AP2 were found to be abundant amino acids. This amino acid preference suggests that CORE-binding peptides use)pi-pi stacking to recognize the target while hydrogen bonding is dominant for AP2-binding peptides. To investigate the binding properties of the selected peptide to the target, surface plasmon resonance was used. The binding constant of the interaction between CORE and a CORE-binding peptide (HWHHE) was about 1.1 x 10(6) M-1 at 25 degrees C and the resulting binding free energy change at 25 degrees C (Delta G(25)degrees) was - 8.2 kcal mol(-1). The binding of the peptide to AP2 was also analyzed and the resulting binding constant and Delta G(25)degrees were about 4.2 x 10(4) M-1 and -63 kcal mol(-1), respectively. The difference in the binding free energy changes (Delta Delta G(25)degrees) of 1.9 kcal mol(-1) was comparable to the values reported in other systems and was considered a consequence of the loss of pi-pi stacking. Moreover, the stabilization effect by stacking affected the dissociation step as well as the association step. Our results suggest that the existence Of an aromatic ring (T6 base) produces new dominant interactions between peptides and nucleic acids, although hydrogen bonding is the preferable mode of interaction in the absence of the flipping base. These findings regarding CORE and AP2 recognition are expected to give useful information in the design of novel artificial DNA binding peptides.

  DOI

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講演・口頭発表等 【 表示 ／ 非表示 】

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• 細胞内におけるASOのmRNA結合を検出するアプタセンサーの構築

  綿引優花、石垣卓、谷口慎也、赤松由御、川上純司

  日本核酸医薬学会 第5回年会  (大阪)  2019年07月  -  2019年07月    日本核酸医薬学会

• Locked nucleic acid (LNA) を導入した splice-switching oligonucleotides (SSO) の高次構造形成と活性の相関

  中辻悠輔、下剛典、橘敬祐、川脇優希、綿引優花、石垣卓、原孝史、川上純司、小比賀聡

  日本核酸医薬学会 第5回年会  (大阪)  2019年07月  -  2019年07月    日本核酸医薬学会

• 好熱性細菌及び酵母菌による多段階培養発酵技術から得られた発酵エキスの有用性

  川野大地、付子華、伊達朗、寥箏箏、聶菁、Eduardo Perez、Jose Fernandez、Corey Webb、Kristen Huber、Jeffry B. Stock、川上純司、孫培文

  第44回日本香粧品学会  (東京)  2019年06月  -  2019年06月   

• 臨床試験中及び実用化された核酸医薬

  谷口陽祐、川上純司、佐々木茂貴

  日本薬学会第139年会  (千葉)  2019年03月  -  2019年03月    日本薬学会

• 好熱性細菌と酵母の共培養発酵技術から得られた発酵エキスTIRACLEの機能評価

  付子華、川野大地、伊達朗、寥箏箏、聶菁、Eduardo Perez、Jose Fernandez、Corey Webb、Kristen Huber、Jeffry B. Stock、川上純司、孫培文

  日本薬学会第139年会  (千葉)  2019年03月  -  2019年03月    日本薬学会

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科研費（文科省・学振）獲得実績 【 表示 ／ 非表示 】

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• ヘアピンループＤＮＡ／ＲＮＡを認識するモデルペプチドの速度論的機能評価

  若手研究(B)

  研究期間:  2004年04月  -  2006年03月 

  ヘアピンループＤＮＡ／ＲＮＡを認識するモデルペプチドの速度論的機能評価
  領域・整理
  ・課題番号
  4706
  7305
  16750150

• ヘアピンループＤＮＡ／ＲＮＡを認識するモデルペプチドの速度論的機能評価

  若手研究(B)

  研究期間:  2004年04月  -  2006年03月 

  ヘアピンループＤＮＡ／ＲＮＡを認識するモデルペプチドの速度論的機能評価
  領域・整理
  ・課題番号
  4706
  7305
  16750150

• ヘアピンループＤＮＡ／ＲＮＡを認識するモデルペプチドの速度論的機能評価

  若手研究(B)

  研究期間:  2004年04月  -  2006年03月 

  ヘアピンループＤＮＡ／ＲＮＡを認識するモデルペプチドの速度論的機能評価
  領域・整理
  ・課題番号
  4706
  7305
  16750150

研究シーズへのリンク 【 表示 ／ 非表示 】

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共同研究希望テーマ 【 表示 ／ 非表示 】

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研究費にかかる研究（調査）活動報告書 【 表示 ／ 非表示 】

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• 2020年度  核酸医薬、RNA工学、遺伝子工学　アンチセンス核酸医薬の薬効予測法の開発

  研究費の種類： その他

その他教育活動及び特記事項 【 表示 ／ 非表示 】

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所属学協会等の委員歴 【 表示 ／ 非表示 】

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社会貢献活動 【 表示 ／ 非表示 】

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• 模擬講義

  2014年12月

  　

  　

  毒学／兵庫大学附属須磨ノ浦高等学校

• 出張模擬講義

  2014年12月

  　

  　

  毒学 - 薬学へのいざない／兵庫県立舞子高等学校

• サイエンスパートナーシッププロジェクト

  2014年08月

  　

  　

  自然科学入門講座「身近な生活から最先端の遺伝子研究について学ぶ」- 遺伝子鑑定／兵庫県立星陵高等学校

• etc

  2014年03月

  　

  　

  遺伝子鑑定の精度・信憑性／兵庫県警察本部 刑事部

• 模擬講義

  2013年12月

  　

  　

  くすりの科学／須磨ノ浦女子高等学校

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提供可能な資源 【 表示 ／ 非表示 】

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