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SUGIMOTO Naoki

Position

Professor

Research Field

Nanotechnology/Materials / Bio chemistry, Manufacturing Technology (Mechanical Engineering, Electrical and Electronic Engineering, Chemical Engineering) / Biofunction and bioprocess engineering, Nanotechnology/Materials / Nanomaterials

External Link

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Graduating School 【 display / non-display 】

  • Kyoto University   Faculty of Science   Graduated

    - 1979.3

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Graduate School 【 display / non-display 】

  • Kyoto University   Graduate School, Division of Natural Science   Doctor's Course   Completed

    - 1985.3

  • Kyoto University   Graduate School, Division of Natural Science   Master's Course   Completed

    - 1982.3

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Campus Career 【 display / non-display 】

  • KONAN UNIVERSITY   Frontier Institute for Biomolecular Engineering Research, Konan University   Distinguished Professor

    2024.4

  • KONAN UNIVERSITY   Faculty of Frontiers of Innovative Research in Science and Technology   Faculty of Frontiers of Innovative Research in Science and Technology Department of Nanobiochemistry   Professor

    2009.4 - 2024.3

  • KONAN UNIVERSITY   Frontier of Institute for Biomolecular Engineering Research in Science and Technology Department of Nanobiochemistry   Director in General

    2004.4 - 2024.3

  •   ハイテクリサーチセンター   所長

    2001.4 - 2004.3

  • KONAN UNIVERSITY   Faculty of Science   Professor

    1994.4 - 2009.3

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External Career 【 display / non-display 】

  • 学校法人　甲南学園

    2012.8

    　 More details

    Country：Japan

  • ロチェスター大学

    1985.4 - 1988.3

    　 More details

    Country：United States

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Papers 【 display / non-display 】

  • Imperfect G-quadruplex as an emerging candidate for transcriptional regulation

    S. Sarkar, H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, and N. Sugimoto

    Nucleic Acids Res.   53   2025

    　More details

  • Controlling the local conformation of RNA G-quadruplex results in reduced RNA/peptide cytotoxic accumulation associated with C9orf72 ALS/FTD

    S. Matsumoto, H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, and N. Sugimoto

    Small Methods   9   2025

  • Elucidating the Role of Groove Hydration on Stability and Functions of Biased DNA Duplexes in Cell-Like Chemical Environments Reviewed

    S. Ghosh, S. Takahashi, T. Ohyama, L. Liu, and N. Sugimoto

    Journal of the American Chemical Society   146 ( 47 )   32479 - 32497   2024.11

    　More details

    Authorship：Lead author  

    DOI： 10.1021/jacs.4c09388

  • Contrasting effect of different crowding agents on pseudoknot RNA stability Reviewed

    S. Satpathi, T. Endoh and N. Sugimoto

    Medicinal Chemistry Research   33   2079 - 2084   2024.8

    　More details

    Pseudoknot (PK) is one of the prevalent and potential targets for drug discovery. It is still difficult to predict PK-forming regions within endogenous RNA transcripts because the intracellular environment consisting of various cellular agents has diverse effects on the structure and stability of nucleic acids. In this study, we have demonstrated the impact of the varied crowding conditions on the structural stability of pseudoknot RNA, emphasizing the distinct stabilities of PK structures depending on the crowding environment.

    DOI： https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-4185448/v1

  • Guanidine modification improves functions of natural RNA-targeting alkaloids Reviewed International coauthorship

    Tamaki Endoh, Sagar Satpathi, Yutong Chen, Saki Matsumoto, Tatsuya Ohyama, Peter Podbevšek, Janez Plavec, Kazumitsu Onizuka, Fumi Nagatsugi, Naoki Sugimoto

    New Journal of Chemistry   48 ( 19 )   8529 - 8533   2024.4

    　More details

    Publisher：Royal Society of Chemistry (RSC)  

    Guanidine modification on berberine improved RNA binding affinity and enhanced suppression of protein expression.

    DOI： 10.1039/d3nj05833f

    researchmap

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Books and Other Publications 【 display / non-display 】

  • Stability Prediction of Canonical and Noncanonical Structures of Nucleic Acids.

    S. Takahashi, H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto（ Role： Joint author）

    Handbook of Chemical Biology of Nucleic Acids.Springer  2023 

    　More details

  • Liquid Phase Separation and Nucleic Acids

    H. Tateishi-Karimata, S. Matsumoto, N. Sugimoto（ Role： Joint author）

    Handbook of Chemical Biology of Nucleic Acids.Springer  2023 

  • Effects of Molecular Crowding on Structures and Functions of Nucleic Acids.

    T. Endoh, H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto（ Role： Joint author）

    Handbook of Chemical Biology of Nucleic Acids.Springer  2023 

    　More details

  • Chemistry and Biology of Non-canonical Nucleic Acids

    N. Sugimoto（ Role： Sole author）

    WILEY  2021.4 

  • 相分離生物学の全貌（現代化学増刊46）

    建石寿枝, 杉本直己（ Role： Joint author ,  第Ⅳ部　生物学的相分離の理論）

    東京化学同人  2021 

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Review Papers (Misc) 【 display / non-display 】

  • 分子夾雑系での核酸挙動

    建石寿枝、三好大輔、杉本直己

    CSJカレントレビュー「生体分環境の化学―分子夾雑と1分子で解き明かす生体の挙動―」化学同人   45   36 - 41   2023.2

  • 遺伝子発現における核酸の新機能 Reviewed

    松本咲, 杉本直己

    CSJカレントレビュー「進化を続ける核酸化学―ゲノム編集、非二重らせん、核酸医薬―」   41   146 - 154   2021.10

  • 細胞内の核酸物理化学 Reviewed

    高橋俊太郎, 杉本直己

    CSJカレントレビュー「進化を続ける核酸化学―ゲノム編集、非二重らせん、核酸医薬―」   41   14 - 21   2021.10

  • フロントランナーに聞く「令和の時代も進化を続ける核酸化学」

    神谷真子, 建石寿枝, 永次史, 山吉麻子, 杉本直己

    CSJカレントレビュー「進化を続ける核酸化学―ゲノム編集、非二重らせん、核酸医薬―」   41   2 - 13   2021.10

    　More details

  • がん関連mRNAと光線力学療法

    三好大輔, 杉本直己

    CSJカレントレビュー「生体分子と疾患」   39   75 - 83   2021.8

    　More details

    Publisher：化学同人  

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Presentations 【 display / non-display 】

  • New Data Science in Nucleic Acids Chemistry (20) : G-quadruplex DNA formations depending on the environments in the mitochondrial matrix

    L. Liu, S. Takahashi, G. Sarptarshi, T. Endoh, N. Yoshinaga, K. Numata, N. Sugimoto

    日本化学会第105回春季年会 

    　More details

    Event date： 2025.3

  • New Data Science in Nucleic Acids Chemistry (19): ATP regulates the DNA stability through structure-dependent cation exchange

    S. Das, S. Takahashi, N. Sugimoto

    日本化学会第105回春季年会 

    　More details

    Event date： 2025.3

  • New Data Science in Nucleic Acids Chemistry (18) : Comparison of the stability of DNA duplexes among normal and cancer cells

    K. Chen, H. Tateishi-Karimata, S. Takahashi, N. Sugimoto

    日本化学会第105回春季年会 

    　More details

    Event date： 2025.3

  • New Data Science in Nucleic Acids (17): Development of a pseudo-cellular system with different molecular crowding environments

    M. Takatsu, H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto

    日本化学会第105回春季年会 

    　More details

    Event date： 2025.3

  • New Data Science in Nucleic Acids Chemistry (16) : Cellular compartment size as a critical factor in the stability and function of nucleic acids

    S. Sarkar, H. Tateishi-Karimata, K. Matsuura, N. Sugimoto

    日本化学会第105回春季年会 

    　More details

    Event date： 2025.3

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Industrial property rights 【 display / non-display 】

  • 核酸の立体構造を制御する方法及びその用途、並びに、細胞内分子クラウディング環境を再現するための組成物

    建石　寿枝、高橋　俊太郎、川内　敬子、杉本　直己

    　More details

    Application no：特願2022-189538

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Other Research Activities 【 display / non-display 】

  • 私の自慢「知の系譜：挑戦するオストワルト・ギブスの末裔たち－物理化学は細胞の中へ，極限状態の生命へ」

    2013.2

    　More details

    Book Review

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Academic Awards Received 【 display / non-display 】

  • The Ikehara Award

    2024.9   Japan Society of Nucleic Acids Chemistry (JSNAC)  

    Naoki Sugimoto

  • 第72回日本化学会賞

    2020.3   公益社団法人日本化学会   分子クラウディング環境における非二重らせん核酸の化学

    杉本直己

  • The Imbach-Townsend Award

    2018.8   IS3NA（International Society for Nucleosides, Nucleotides, and Nucleic Acids）  

    N. Sugimoto

  • Keynote Lecture賞

    2016.6   European Chemistry Congress (Euro Chemistry2016)  

    Naoki Sugimoto

  • 第39回井植文化賞（科学技術部門）

    2015.10   公益財団法人 井植記念会  

    杉本直己

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Grant-in-Aid for Scientific Research 【 display / non-display 】

  • Quantitative prediction of nucleic acid structures and functions affected by spaciotemporal environmental factors in cells

    2022.4 - 2027.3

    JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(S)

    　 More details

    Authorship：Principal investigator

    researchmap

  • イオンチャンネルは核酸の非二重らせん構造の形成と遺伝子発現を制御しているのか

    2020.7 - 2022.3

    JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Exploratory Research

    　 More details

    イオンチャンネルは核酸の非二重らせん構造の形成と遺伝子発現を制御しているのか

  • 核小体内クラウディング環境におけるリボソームRNA形成の定量的解析

    2019.11 - 2022.3

    JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for JSPS Fellows

    　 More details

    核小体内クラウディング環境におけるリボソームRNA形成の定量的解析

  • 核酸構造のトポロジーによる遺伝子発現の化学的制御

    2019.4 - 2022.3

    JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(A)

    杉本　直己

    　 More details

    核酸構造のトポロジーによる遺伝子発現の化学的制御

  • 核酸の非二重らせん構造を調節し、がんの発症を制御するのは、カリウムイオンなのか

    2018.4 - 2020.3

    JSPS Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Exploratory Research

    　 More details

    核酸の非二重らせん構造を調節し、がんの発症を制御するのは、カリウムイオンなのか

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Other External funds procured 【 display / non-display 】

  • 核酸の非標準構造を標的とした細胞応答の化学的制御技術の構築と先制核酸医

    2014.4 - 2019.3

    文部科学省  文部科学省私立大学戦略的研究基盤形成支援事業

  • 特異なmRNA構造を活用した翻訳フレームシフト及び産生タンパク質機能の制御

    2013.4 - 2014.3

    公益財団法人長瀬科学技術振興財団  長瀬科学技術振興財団助成金

  • ひらめき☆ときめき　サイエンス～要こそ大学の研究室～ＫＡＫＥＮＨＩ

    2011.4 - 2012.3

    文部科学省  「ひらめき☆ときめき　サイエンス～ようこそ大学の研究室～KAKENHI」研究成果の社会還元・普及事業

  • 生命化学分野に関する学術動向の調査研究

    2011.4 - 2012.3

    文部科学省  学術システム研究センター研究員

  • ひらめき☆ときめき　サイエンス～要こそ大学の研究室～ＫＡＫＥＮＨＩ

    2010.4 - 2011.3

    文部科学省  「ひらめき☆ときめき　サイエンス～ようこそ大学の研究室～KAKENHI」研究成果の社会還元・普及事業

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Joint and Contract research activities (Public) 【 display / non-display 】

  • フタロシアニンなどのπ共役化合物による細胞毒性検討および癌関連酵素の新規測定技術の開発

    Domestic Joint Research

    2011.4 - 2012.3

  • 平成23年度調査研究「生命科学分野に関する学術動向の調査研究」

    General funded research

    2011.4 - 2012.3

  • DNAの高次構造に注目した細胞のがん化機構の解明と化学物質のリスク評価システムの構築

    General funded research

    2010.9 - 2011.8

  • フタロシアニンなどのπ共役化合物の抗腫瘍効果の検討および生体センシングへの応用検討

    Joint Research on Campus

    2010.4 - 2011.3

  • DNAの高次構造に注目した細胞のがん化機構の解明と化学物質のリスク評価システムの構築

    General funded research

    2009.9 - 2010.8

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Preferred joint research theme 【 display / non-display 】

  • 生命分子(核酸・タンパク質等)の立体構造の解明

  • 生命分子間相互作用のデータベース化

  • 生命分子(核酸・タンパク質等)の物性解析

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Committee Memberships 【 display / non-display 】

  • 2017.11 - 2020.8   日本核酸化学会  会長

  • 2015.5 - 2017.5   日本化学会  理事

  • 2013.3 - 2015.2   日本化学会  生体機能関連部会監事

  • 2011.3 - 2013.2   日本化学会  生体機能関連部会部会長

  • 2010.4 - 2017.3   社団法人　日本学術振興会  学術システム研究センター専門研究員

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Social Activities 【 display / non-display 】

  • ひょうご経済・雇用活性化プラン策定会議構成員

    2018.6 - 2019.3

  • ひょうご次世代産業高度化プロジェクト推進協議会委員

    2018.4 - 2021.3

  • 南開大学客座教授

    2017.3

  • 「DNAから健康生活を考えてみましょう」

    Role(s)： Lecturer

    公益財団法人井植記念会  垂水文化講座  2017

    　More details

  • 兵庫県ひょうご経済・雇用活性化プラン推進会議構成員

    2016.7 - 2017.3

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