Joint and Contract research activities (Public) - KUSAKABE Takehiro
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モデル脊索動物を用いた神経系細胞の個性化を司るゲノム情報発現ネットワークの解明
Offer organization：東京大学 Domestic Joint Research
2013.4
神経系は多様なニューロンとグリア細胞から構成されており、共通の前駆細胞から生じるこれらの細胞が、各々固有の性質を獲得し、正しく配置されることが、神経系の機能発現のために必要である。そのしくみの解明は、神経発生学の中心課題であるが、胚発生が胎内で進行し、膨大な数と種類の細胞から構成される哺乳類の神経系では、その理解はきわめて断片的である。本研究では、研究代表者と分担者の共同研究の成果に立脚し、ゲノムも神経系もともにシンプルなホヤとメダカを用い、神経系の各細胞が固有の性質を獲得するためのゲノム情報発現ネットワークを探る。(1)転写因子とシス調節配列の相互作用、(2)細胞間シグナル、(3)ノンコーディングRNAによる制御、(4)染色体上の遺伝子配置に連関した制御、をネットワークの基本要素ととらえ、脊索動物に普遍的な神経系構築のメカニズムの解明をめざす。
共同研究者：中井謙太（東京大学医科学研究所・教授）、鈴木穣（東京大学新領域創成科学研究科・教授） -
転写因子とシス調節DNAの核内動態に基づく細胞特異的転写調節ロジックの解明
Offer organization：東京大学、(独)沖縄科学技術研究基盤整備機構 Domestic Joint Research
2010.4 - 2014.3
遺伝子発現を制御するゲノムＤＮＡ配列（シス調節配列）は、発見が困難であるため、その重要性にも関わらずいまだに大半が未同定である。ホヤは脊椎動物にもっとも近縁な無脊椎動物で、ゲノムサイズが小さく、発生過程における遺伝子制御の研究に適した多くの特徴を備えている。本研究では、転写開始点と転写因子結合部位をホヤゲノム上にマッピングするとともに、共発現遺伝子座領域の染色体動態を解析し、その過程に関与するDNA配列を決定する。これらの情報とイン・ビボ実験およびイン・シリコ解析を統合して、細胞特異的な遺伝子発現制御に関わる転写因子とシス調節領域の相互作用の実体を明らかにし、脊椎動物ゲノムにも適用可能な転写調節ロジックの解明をめざす。
共同研究者：中井謙太（東京大学医科学研究所・教授）、鈴木穣（東京大学新領域創成科学研究科・准教授）、將口栄一（独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構・研究員） -
脊索動物モデルを活用した高精度なシス調節配列予測法の開発
Offer organization：東京大学医科学研究所 Domestic Joint Research
2010.4 - 2013.3
遺伝子発現を制御するゲノムDNA配列（シス調節配列）は、発見が困難であるため、いまだに大半が未同定である。全ゲノムが解読され、ゲノムサイズが小さく、個体レベルのDNA機能解析が容易なホヤとメダカをモデルとして、高精度なシス配列予測法の確立をめざす。
共同研究者：中井謙太（東京大学医科学研究所・教授） -
ホヤゲノムにコードされる小分子RNAの包括的探索
Offer organization：東京大学医科学研究所、神戸大学大学院理学研究科 Domestic Joint Research
2008.4 - 2011.3
ホヤゲノムにコードされる機能性小分子ノンコーディングRNAを網羅的・体系的に同定し、in vivoおよびin vitroの検証実験と機能解析を行う。
共同研究者：中井謙太（東京大学医科学研究所・教授）、井上邦夫（神戸大学理学研究科・教授） -
モデル脊索動物ホヤにおけるドーパミン神経系の構造と機能
Offer organization：フランスCNRS International Joint Research
2006.4 - 2008.3
ホヤにおけるドーパミン神経細胞の発生機構と遊泳運動における機能を解析した。
共同研究者：Philippe Vernier（フランスCNRS・研究部長）
1850000円
Ｈ18.4.1～Ｈ20.3.31
日仏交流促進事業SAKURA -
カタユウレイボヤの転写制御領域に関する情報学的モデル構築
Offer organization：東京大学医科学研究所 Domestic Joint Research
2005.4 - 2007.3
筋肉、視細胞などで発現する遺伝子群の転写制御領域の情報モデルを作成し、ゲノムワイドな遺伝子予測を行った。
共同研究者：中井謙太（東京大学医科学研究所・教授）