遠藤 玉樹 (エンドウ タマキ)
ENDOH Tamaki
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職名 |
准教授 |
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学位 |
博士（工学）(東京工業大学) |
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専門分野 |
バイオ機能応用、バイオプロセス工学, 応用生物化学, 生体化学 |
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外部リンク |
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所属学協会 【 表示 ／ 非表示 】
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日本化学会 生体機能関連化学部会
2012年9月 - 現在
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日本化学会
2006年4月 - 現在
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RNA学会
2006年4月 - 現在
研究経歴 【 表示 ／ 非表示 】
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細胞内で機能するRNA構造スイッチの最適化および合理的設計技術の構築
科学研究費補助金
研究期間： 2019年4月 - 現在
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核酸構造のトポロジーによる遺伝子発現の化学的制御
科学研究費補助金
研究期間： 2019年4月 - 現在
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細胞内環境で変化する非二重らせん構造の定量的機能解析と遺伝子発現制御
科学研究費補助金
研究期間： 2018年4月 - 現在
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疾患発症に関わる核酸非標準構造の構造及び機能の定量的解析
その他の研究制度
研究期間： 2018年4月 - 現在
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核酸構造の多様性に基づく新規の遺伝暗号Dimensional Codeの解析
科学研究費補助金
研究期間： 2016年4月 - 2019年3月
論文 【 表示 ／ 非表示 】
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5-Triazolyl uracil improves nucleobase stacking, pyrimidine recognition, biological activity, and specificity of RNA-binding triplex-forming peptide nucleic acids 査読あり
S. F Saei, T. Endoh, V. Baskevics, I. Kumpina, M. Katkevics, N. Sugimoto, Eriks Rozners
Nucleic Acids Res. 54 gkag249 2026年3月
DOI： 10.1093/nar/gkag249
DOI： 10.1093/nar/gkag249
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Development of a Microwave-Assisted Method for Enhancing the Cellular Uptake of Arginine-Rich Peptides 査読あり
F. Kayamori, M. Hirata, T. Kariya, Y. Arimoto, R. Osawa, M. Ishikawa, T. Endoh, N. Nakanishi, K. Usui
Processes 14 497 2026年1月
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Identification of Endogenous Sequences Interacting with METTL3/METTL14 RNA Methyltransferase. 国際誌
Tamaki Endoh, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Miki Imanishi
Chembiochem : a European journal of chemical biology 26 ( 11 ) e202500006 2025年6月
N6-methyladenosine (m6A) is the most abundant RNA modification in mRNA and regulates various biological processes. The RNA-binding properties of m6A writer proteins play an important role in determining RNA modification sites. METTL3 and METTL14 form the core of the m6A writer complex, with METTL3 as the catalytic methyltransferase and METTL14 as the RNA-binding scaffold. Thus far, the comprehensive RNA-binding properties of METTL3/14 remain unknown. Using RNA-capturing microsphere particles (R-CAMPs), immobilizing RNA fragments derived from endogenous RNAs of human lung carcinoma cells, RNA fragments that interacted with the METTL3/14 methyltransferase domain are isolated. Bioinformatics analysis reveals that the pool of isolated sequences contains significantly more regions with the potential to form RNA G-quadruplexes (rG4s) than the randomly extracted RNA sequence pool and that the (GGA) repeat sequences are most enriched. Circular dichroism spectroscopy, gel mobility shift assays, and methylation experiments demonstrate that METTL3/14 binds to RNA sequences containing (GGA) repeats that form rG4 structure much stronger than RNAs that do not form rG4s. This study shows the potential of RNA G-quadruplex structures as a modulator of epitranscriptomic modification of m6As.
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Predictability of environment-dependent formation of G-quadruplex DNAs in human mitochondria 査読あり 国際誌
L. Liu, S. Takahashi, S. Ghosh, T. Endoh, N. Yoshinaga, K. Numata, N. Sugimoto
Communications Chemistry 8 ( 1 ) 135 - 135 2025年5月
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Contrasting effect of different crowding agents on pseudoknot RNA stability 査読あり
S. Satpathi, T, Endoh, and N. Sugimoto
Med. Chem. Res. 33 2079 - 2084 2024年8月
書籍等出版物 【 表示 ／ 非表示 】
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核酸科学ハンドブック
杉本 直己, 日本核酸化学会, 講談社サイエンティフィク（ 担当： 分担執筆 , 範囲: 第II部 核酸科学の最前線 15. リボスイッチ）
講談社 2020年12月 （ ISBN:9784065207864 ）
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生体分子化学 基礎から応用まで
杉本直己、内藤昌信、橋詰蜂雄、高橋俊太郎、田中直毅、建石寿枝、遠藤玉樹、津本浩平、長門石曉、松原輝彦、上田実、朝山章一郎（ 担当： 共著 , 範囲: 第６章 セントラルドグマ）
講談社 2017年1月 （ ISBN:978-4-06-156806-8 ）
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生体分子化学 : 基礎から応用まで = biomolecular chemistry
杉本 直己, 内藤 昌信, 橋詰 峰雄, 高橋 俊太郎, 田中 直毅, 建石 寿枝, 遠藤 玉樹, 津本 浩平, 長門石 曉, 松原 輝彦, 上田 実, 朝山 章一郎, 講談社サイエンティフィク
講談社 2017年 （ ISBN:9784061568068 ）
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CSJカレントレビュー ここまで進んだバイオセンシング・イメージング 1分子から細胞、脳まで
遠藤玉樹、杉本直己（ 担当： 共著 , 範囲: 細胞内核酸化学 （pp 86-91））
化学同人 2012年
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特定配列RNAの検出法 「新しいDNAチップの科学と応用」
遠藤玉樹（ 担当： 単著）
講談社サイエンティフィック 2007年
、関根光雄 編集（講談社サイエンティフィック）、194-204 (2007)
総説・解説記事（Misc） 【 表示 ／ 非表示 】
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四重鎖DNA内包人工ウイルスキャプシドの構築と細胞内導入
松浦和則, 石井楽乃, 稲葉央, 遠藤玉樹, 建石寿枝, 杉本直己
日本化学会春季年会講演予稿集(Web) 105th 2025年
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四重鎖DNAを内包した人工ウイルスキャプシドの創製
石井楽乃, 稲葉央, 遠藤玉樹, 建石寿枝, 杉本直己, 松浦和則
日本化学会春季年会講演予稿集(Web) 104th 2024年
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核酸化学における新しいデータサイエンス(9):細胞類似ナノ拘束空間内でのウイルスゲノム配列による核酸の配座転移
SARKAR Sunipa, TATEISHI-KARIMATA Hisae, ENDOH Tamaki, MATSUURA Kazunori, MATSUURA Kazunori, SUGIMOTO Naoki, SUGIMOTO Naoki
日本化学会春季年会講演予稿集(Web) 104th 2024年
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核酸化学のNew Data Science(8):ハイスピード共焦点イメージングを利用した生細胞内での核酸構造変化の解析
ENDOH Tamaki, TATEISHI-KARIMATA Hisae, TSUTSUI Keita, FUKAYA Yoko, TSUKIJI Shinya, SUGIMOTO Naoki, SUGIMOTO Naoki
日本化学会春季年会講演予稿集(Web) 104th 2024年
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核酸化学のNew Data Science(1):細胞内の核酸構造安定性を予測できる新規の最近接塩基対パラメータの開発
SUGIMOTO Naoki, SUGIMOTO Naoki, SAPTARSHI Ghosh, DIPANWITA Banerjee, OHYAMA Tatsuya, ENDOH Tamaki, TAKAHASHI Shuntaro, TATEISHI-KARIMATA Hisae
日本化学会春季年会講演予稿集(Web) 104th 2024年
講演・口頭発表等 【 表示 ／ 非表示 】
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New Data Science in Nucleic Acids Chemistry (26): Comprehensive survey of small chemicals’ RNA targets based on stabilization effect provided by the interaction
T. Endoh, M. Otsu, and E. Czarina Morishita
日本化学会第106回春季年会
開催年月日： 2026年3月
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RNA-capturing microsphere particles (R-CAMPs) for developing functional RNAs
T. Endoh
第3回生命化学国際シンポジウム2025
開催年月日： 2025年12月
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Selection of equol aptamer based on base pair switching for construction of conformational switching sensor 国際共著
T. Endoh, H. Yaku, P. Podbevsek, J. Plavec, N. Sugimoto
第52回国際核酸化学シンポジウム (ISNAC2025)
開催年月日： 2025年11月
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イオン液体生成を利用するDNAの共抽出とPCRによる増幅の試み
加古柾哉, 岩月聡, 永井秀典, 遠藤玉樹, 茶山健二
日本分析化学会第74年会
開催年月日： 2025年9月
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ヒトミトコンドリア内でのグアニン四重鎖DNA の形成予測
Liu Lutan, 高橋 俊太郎, Saptarshi Ghosh, 遠藤 玉樹, 吉永 直人, 沼田 圭司, 杉本 直己
第19回バイオ関連化学シンポジウム
開催年月日： 2025年9月
産業財産権 【 表示 ／ 非表示 】
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核酸の検出方法
小畠 英理、三重 正和、遠藤 玉樹
公開番号：特開2006-055017
出願国：国内
【特許コード】 P06P003883
学術関係受賞 【 表示 ／ 非表示 】
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バイオ関連化学シンポジウム 講演賞
2013年9月 第7回バイオ関連化学シンポジウム
遠藤玉樹
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The First International Symposium on Biofunctional Chemistry (ISBC2012) Poster Award
2012年11月 日本化学会 生体機能関連化学部会
遠藤玉樹
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ISNAC Outstanding Oral Presentation Award for Young Scientist in 2012
2012年11月 核酸化学シンポジウム組織委員会
遠藤玉樹
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日本化学会第92春季年会 優秀講演賞（学術）
2012年3月 日本化学会
遠藤玉樹
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遺伝子・デリバリー研究会 第8回シンポジウム 奨励賞
2008年5月 遺伝子・デリバリー研究会
遠藤玉樹
科研費（文科省・学振）獲得実績 【 表示 ／ 非表示 】
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RNA-異種分子間の包括的な相互作用データベースに基づいた創薬戦略の確立
2023年4月 - 2027年3月
学術振興機構 科学研究費助成事業 基盤研究(B)
遠藤 玉樹
2023年度は、RNA-異種分子間の相互作用を包括的に抽出するための基盤技術開発を行った。二次構造モジュールとしてバルジおよびループ構造を有するRNAライブラリを設計し、微粒子上にライブラリ由来のDNAとRNAが個別に固定化されているRNAキャプチャー微粒子群（RNA-capturing microsphere particles; R-CAMPs）を調整した。異種分子のライブラリとして、個別の化合物にバーコード化されたDNAが結合しているDNA-encoded library (DEL)を蛍光分子で修飾したライブラリを調整した。RNAのライブラリであるR-CAMPsと化合物のライブラリであるDELを混合し、微粒子上の蛍光シグナルに基づいてRNA-異種分子間の相互作用を選別して回収した。回収した微粒子およびDELの配列解析を行った結果、DELに修飾されている蛍光分子のシグナルが強く確認されたサンプルにおいて、より多くのDEL由来配列を得ることができた。このことは、本研究課題で目的とするライブラリ同士の掛け合わせの中から、特定のRNAと異種分子の相互作用を抽出して解析できることを示している。現在、それぞれのRNAに相互作用した化合物に共通して見られる化学的な特徴を解析すると共に、より明確にRNAに相互作用した化合物を獲得できるように、選別操作の実験条件を最適化している。
2023年度は、RNAに相互作用する化合物を獲得後、RNAを標的とした創薬研究へ展開することを念頭に、RNA結合性の化合物に対して人工的な化学修飾を加えることでRNAに対する結合親和性を高めることも試みた。植物由来の代謝産物であるベルベリンにグアニジノ基を化学修飾した化合物を合成し、ベルベリンが結合するRNA二次構造への結合親和性が上昇すること、その結果として、mRNAからのタンパク質翻訳をベルベリンより強く抑制できることを確かめた（New J. Chem., 48, 8529 (2024)）。 -
いつ、どこで、どのように、核酸の高次構造は形成し機能するのかを予測する
2022年4月 - 2027年3月
学術振興機構 科学研究費助成事業 基盤研究(S)
杉本 直己, 松浦 和則, 沼田 圭司, 遠藤 玉樹, 高橋 俊太郎, 建石 寿枝
担当区分：研究分担者
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多元応答ゲノム機構の解明
2021年8月 - 2024年3月
学術振興機構 科学研究費助成事業 学術変革領域研究(B)
建石 寿枝, 今西 未来, 遠藤 玉樹
総括班は、領域の運営（研究計画、領域会議やシンポジウムの開催、広報活動）ならびに領域研究全体の研究連携の支援を担当する。2021年度は、領域研究代表者を統括班の代表とし、甲南大学内に多元応答ゲノム領域推進センター（領域事務局を兼務）を設立し、領域の運営ならびに研究連携を推進した。
まず、領域メンバーの研究打ち合わせでは、新型コロナウイルス感染拡大による行動制限のため、オンライン会議を活用し、定期的に研究の進捗を報告し、連携が滞りなく推進されているか確認した。本年度は、多元応答ゲノム機構の解明を目指し、遺伝子発現に関わる核酸構造やタンパク質について、定量的に解析した。その結果、核酸非二重らせん構造（i-モチーフおよびG四重らせん）形成におよぼす、溶液環境の効果（ RSC Adv., 11, 37205 (2021)）、G四重らせん構造とメチル化酵素の相互作用(Nucleic Acids Res. 50, 449 (2022))を明らかにした。さらに、核酸構造変化に応答した遺伝子発現機構として、G四重らせん構造の形態が複製におよぼす影響（J. Am. Chem. Soc., 143, 16458 (2021)）や、翻訳反応を調節し得るシュードノット構造の形成機構 (Chem. Commun., in press (2022))を明らかにした。
また、領域発足にあたり、領域アドバイザーをお招きし、領域のコンセプトを広く周知できるようキックオフシンポジウムを開催した。シンポジウムでは、核酸非二重らせん構造の機能解析の第一人者であるPurdue University（米国）のDanzhou Yang教授とNanyang Technological University（シンガポール）のAnh Tuan Phan教授をお招きし、領域への応援メッセージとともに特別講演を行っていただいた。 -
生物種の分類枠組みを超えた網羅解析による多元応答深化の解明
2021年 - 2023年3月
学術振興機構 科学研究費助成事業 学術変革領域研究(B)
遠藤 玉樹, 凌 一葦
担当区分：研究代表者
2021年度は、多元応答を示す核酸構造の候補として、DNAが形成するグアニン四重らせん構造（G4構造）、およびRNAが形成するシュードノット構造に着目して解析を行った。
DNAのG4構造については、グアニンの連続配列が豊富な領域で形成されることが知られ、塩基配列の構成からその形成領域を予測することが可能である。そこで、既存のデータベースに登録されている1500種類を超える生物種のゲノム配列をもとに、G4構造の形成可能領域を網羅的に抽出した。これにより、生物種間の同一遺伝子や遺伝子にコードされるタンパク質機能の類似性などを基にしたG4構造の保存性を比較することができるようになる。また、実験的なG4構造の解析として、溶液環境に応答してG4構造を形成する配列の選別技術の開発を行った。微粒子上にDNAのライブラリを固定化し、G4構造のプローブとなる分子の蛍光シグナルでG4構造を形成しているDNAを選別する手法を確立した。これにより、大腸菌、枯草菌、酵母といった比較的ゲノムサイズの小さな生物種から得られるDNAライブラリを用いることで、特定の溶液環境でG4構造を形成する配列を網羅的に選別して解析することが可能になる。
RNAが形成するシュードノット構造については、モデルとなる配列を用いた熱安定性の解析を行った。ヘアピン構造のループ領域に分子内の別の領域が塩基対を形成してシュードノット構造となる過程に焦点をあて、この過程の熱融解を定量的に解析した。様々な配列組成のシュードノットを用いて解析した結果、塩基対形成領域に存在する最近接塩基対の構成をもとに、その熱融解挙動（熱安定性）を予測可能であることが明らかとなった（Chem. Commun., 2022, in press）。そのため、データベースに登録されているRNA配列からシュードノット構造の形成とその安定性の予測も可能になると考えられる。 -
核酸構造のトポロジーによる遺伝子発現の化学的制御
2019年4月 - 2022年3月
学術振興機構 科学研究費助成事業 基盤研究(A)
杉本 直己, 建石 寿枝, 高橋 俊太郎, 遠藤 玉樹
本研究課題では、分子環境に依存してトポロジーを変動させる核酸構造による遺伝子の発現調節機構の解明と、得られる知見を活用した化学的な遺伝子の発現制御技術を確立することを目指して研究を進めた。研究成果として、細胞内を特徴づける分子クラウディング環境において、核酸トポロジーおよびその安定性に影響を及ぼす因子を同定し、遺伝子発現の変動と核酸トポロジーの相関を定量的に明らかにした。さらに、核酸トポロジーを人為的に変化させる人工分子の開発を行い、分子間の相互作用で特定の核酸トポロジーの形成、安定化を促すことで、細胞内で核酸機能を制御できることを実証した。
科研費以外の競争的資金獲得実績 【 表示 ／ 非表示 】
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翻訳反応を調節し得るmRNA構造の熱安定性と構造特性との相関解析
2014年4月 - 2015年3月
ひょうご科学技術協会 ひょうご科学技術協会学術研究助成
研究シーズへのリンク 【 表示 ／ 非表示 】
研究費にかかる研究（調査）活動報告書 【 表示 ／ 非表示 】
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2022年度 生物種の分類枠組みを超えた網羅解析による多元応答深化の解明
研究費の種類： 科学研究費助成事業（科研費）
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2022年度 細胞内で機能するRNA構造スイッチの最適化および合理的設計技術の構築
研究費の種類： 科学研究費助成事業（科研費）
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2021年度 細胞内で機能するRNA構造スイッチの最適化および合理的設計技術の構築
研究費の種類： 科研費
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2020年度 細胞内で機能するRNA構造スイッチの最適化および合理的設計技術の構築
研究費の種類： 科研費